。他被任命為欽差大臣，並在同年9月28日至12月4日擔任粵海關監督。在此期間，他試圖通過外交手段解決與英國的衝突，但由於割讓香港的決定，最終導致了道光皇帝的不滿。道光二十一年（1841年），他因此被革去了大學士的職務，並被鎖拿解京問罪，家產也被查抄。
在經歷了一段時間的貶謫後，道光二十二年（1842年），他先後擔任了四等侍衛和葉爾羌幫辦大臣。隨後，他又被任命為熱河都統、三等侍衛、駐藏辦事大臣等職務，顯示了朝廷對他仍有一定的信任。在道光二十三年（1843年），他還兼任了成都將軍，並在兩年後再次擔任四川總督。
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道光二十八年（1848年），琦善第三次擔任協辦大學士，並繼續擔任總督職務。直到道光二十九年（1849年），他被任命為陝甘總督，並在咸豐元年（1851年）兼任青海辦事大臣。
四、咸豐時期
咸豐時期，清朝面臨着內外交困的局面，太平天國運動的興起給清廷帶來了巨大的挑戰。博爾濟吉特·琦善在這個動盪的時代再次被委以重任，成為了應對內亂的關鍵人物之一。
咸豐二年（1852年），琦善被任命為河南巡撫（署），這是一次臨時性的任命，顯示了朝廷對他的信任。然而，這一年也是太平天國運動迅速擴張的時期，清廷急需有能力的將領來平息叛亂。因此，琦善很快又被賦予了更重要的使命。
咸豐二年，他被授予都統銜，並且擔任欽差大臣，負責建立江北大營，以對抗太平天國的軍隊。江北大營是清廷為了鎮壓太平天國起義而在長江以北設立的一個軍事基地，目的是集結兵力，加強對太平天國的軍事打擊。琦善在這期間展現出了出色的組織能力和軍事指揮才能，他不僅負責江北大營的建設和管理，還親自參與了對太平軍的作戰部署。
建立江北大營是一項艱巨的任務，它需要整合各地的軍事力量，並確保後勤保障到位。琦善在這項工作中投入了大量精力，努力提高軍隊的戰鬥力。江北大營的存在對於遏制太平天國向北擴展起到了一定的作用，但也面臨着物資供應不足、士氣低落等問題。
咸豐四年（1854年），琦善的努力得到了朝廷的認可，他被追贈為太子太保、協辦大學士。這兩個頭銜都是極高的榮譽，顯示出朝廷對他工作的肯定。同年，他還被加授總督銜，進一步提升了他在軍事和行政上的地位。
然而，就在咸豐四年，琦善在軍中病逝。他一生經歷了多次起伏，從早年的輝煌到鴉片戰爭中的爭議，再到晚年對抗太平天國的努力，琦善始終保持着對國家的責任感。他病逝的消息傳回京城後，朝廷給予他高度評價，按照總督的標準賜予撫恤，並追贈他為太子太保、協辦大學士，諡號文勤。
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