石達開從外地趕回天京試圖調解時，反而激起了韋昌輝更大的殺心。為了避免自身及家人遭遇不測，石達開被迫逃離京城。而韋昌輝則變本加厲地追殺石達開親屬，並且公然威脅要包圍天王府強迫洪秀全交人。面對如此失控的局面，洪秀全不得不公開宣佈韋昌輝為叛徒，並號召全體軍民共同將其捉拿歸案。
由於此前韋昌輝的大規模屠殺已經徹底失去了民心，因此在他被宣佈為「北奸」之後，其勢力迅速土崩瓦解。9月27日（陰曆十月初五日，陽曆11月2日），藏匿多日的韋昌輝終於被捕，並被押送至天王府接受審判。最終，根據洪秀全的命令，韋昌輝遭受了極其殘酷的肢解處決，並將首級送往石達開處示眾。與此同時，參與此次事變的陳承鎔、秦日綱等200餘名「韋黨」成員也被一併處決，從而宣告了這場震驚內外的天京事變正式落幕。
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