不肯容人之短，不善處理人際關係，復出後未滿五月就再度罷相，原因是唐儉出使突厥，蕭瑀請他藏封家書給避難突厥的姐姐蕭皇后。唐儉走後，嫉恨蕭瑀的人告發蕭瑀私通書信於亡隋皇后，查明情況後，第三次出任宰相。兵部尚書李靖帶兵征討突厥殺了突厥頡利可汗的妻子、隋室的義成公主，蕭後感念她的恩情，悲痛不止，蕭瑀上奏彈劾李靖，有人乘機進言，說蕭瑀彈劾李靖不當。太宗任命蕭瑀為太子少傅，免去御史大夫，不再參議朝政，蕭瑀第三次被罷相。
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李淵的喪事辦完後，李世民頒詔，起用蕭瑀「特進」，參與政事，這是蕭瑀第四次拜相。蕭瑀第四次出任宰相一年以後，因急躁、偏狹再次被罷相，並且貶出京城，出任歧州刺史，這是第四次罷相。太子李承乾謀反，李世民命長孫無忌、蕭瑀、李世績等審理此案。李承乾被廢為庶人，冊立晉王李治為新太子，以蕭瑀、李世績為左右僕射，這是蕭瑀第五次拜相。
蕭瑀與同僚多不合，關係緊張，並且屢屢逆忤聖意，李世民極為怨憤，因念他忠誠耿直，不忍再度廢黜他，希望他能自動辭職，以保全面子。最後惹怒了李世民，李世民親寫詔書罷免了他的相位和全部封爵、封邑並且貶出京城，這是蕭瑀第六次罷相。
在太宗期間為宰相時，曾以歷史上分封子弟貴戚為藩屏的得失，建議太宗分封子弟為王而被採納。蕭瑀不貪財好利，作為隋臣時，田宅很多，這些田宅全被唐高祖李淵分賜功臣。蕭瑀歸唐之後，李淵將田宅歸還給他，他全部分給宗族，自己只留下宗廟一座，以作祭祀。李世民為懷念當初一同打天下的眾位功臣，在凌煙閣內描繪了二十四位功臣的圖像，蕭瑀位列第九。
蕭瑀被貶出京，他的姐姐蕭皇后受到了沉重的打擊，她已是風燭殘年80多歲的老人了，竟然一病不起，與世長辭了。74歲的蕭瑀送走了最後一位同胞、從小就相依為命的姐姐蕭皇后，之後感到無比孤苦和寂寞。雖然這時候，皇上已恢復了他的宋國公封爵，還加授金紫光祿大夫，又加「特進」，這是授予公侯中有特殊地位者，可蕭瑀仍然十分消沉。
這時，李世民身體也不好，住在玉華宮，他傳召蕭瑀到玉華宮休養，蕭瑀奉召到玉華宮。誰知蕭瑀被送到玉華宮，病情突然加重，不幾天便去世了，終年74歲，時離蕭皇后去世僅三個月。
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