利用這名刺客，來誣陷張皇后之父張國紀「謀立信王」，從而廢皇后、興大獄，但他的同黨王體乾卻認為朱由校對張皇后和朱由檢感情很深，此舉不會成功，因而魏忠賢殺了這名刺客以滅口，並未波及朱由檢。
朱由檢對宦官弄權的弊端都看在眼裏，他讀史讀到十常侍、董卓、曹操等擅權時，都會「撫卷切齒」，他尤其痛恨魏忠賢專權，感慨「皇兄過忠厚，為（魏忠賢）所欺耳」。但是，他從不表露對魏忠賢的厭惡，魏忠賢見了他也面有懼色，並常派自己的黨羽給朱由檢送一些非時花果，朱由檢表面上以厚賞回報，但不僅不喜歡這些花果，還趁機暗中記住了魏忠賢的黨羽。
對於邊境局勢，他也多有關心，朱由校賜給他景王府所屬的寶坻等縣及塌河地租銀六千三百兩，他立即上疏，以「邊境多虞，軍需告匱」為由請求將這些地租銀兩還給國庫，以補邊防之需。朱由校被朱由檢能為國分憂的至誠之心所感動，收回成命，以遂其願。但隨即將汝王、福王所留地租賜予朱由檢，以便充作養贍之用，並展現他的「親親至意」，朱由檢再次辭去。
朱由檢出宮居住後，每年獲得米三千石、鈔一萬貫，等待就藩之國，但缺等到了朱由校病入膏肓，沒有留下任何子嗣。朱由校召皇五弟信王朱由檢入宮，朱由校躺在病榻上，對朱由檢說：「吾弟當為堯舜。」朱由檢恐懼萬分，說：「陛下為此言，臣應萬死！」朱由校接着囑託他善待張皇后與信用魏忠賢，朱由檢更加恐懼，請求出宮，朱由校表示自己在召見朱由檢以後「朕心甚悅，體覺稍安」。
朱由校駕崩於乾清宮，魏忠賢哭得眼睛都腫了，並與黨羽商量對策。據說魏忠賢打算自立，被兵部尚書崔呈秀勸阻，另有人提議令宮妃假稱懷有身孕，而將魏良卿之子領入宮中，接替皇位，由魏忠賢輔佐，就像「新莽之於孺子嬰」那樣。魏忠賢以為言之有理，便派人婉言暗示張皇后，被張皇后拒絕，魏忠賢得知張皇后的嚴正態度，也無可奈何，不再強迫她，只好派親信宦官塗文輔、王朝輔接朱由檢入宮。
由內閣起草遺詔，內稱「皇五弟信王聰明夙著，仁孝性成，爰奉《祖訓》兄終弟及之文，丕紹倫序，即皇帝位」。在張皇后的告誡下，朱由檢自帶麥飯入宮，不吃宮中食物，對宮中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由檢秉燭獨坐，偶然看見一名小宦官持劍而過，立即叫到跟前，索要其劍，詳加審視，許諾將給他賞賜，並將劍留在自己桌上。當聽到宮中巡夜者擊打木梆的聲音，他起身前往慰勞，並回頭問左右侍從如何賜酒食，侍從回答說由光祿寺負責，於是，朱由檢下令旨讓光祿寺準備酒食，賜給宮中值班巡夜之人，一時歡聲如潮。
對於魏忠賢，朱由檢也屢賜溫詞，曲加慰勞，以安其心。經過文武百官三次勸進，朱由檢穿上袞冕，祭告天地，即皇帝位於皇極殿，改元崇禎，在登基大典時突發天雷之聲。朱由檢即位後，「總攬權綱，天下想望太平」，而他完成的第一件大事就是剷除魏忠賢及依附他的「閹黨」集團。
朱由檢即位之初，仍像朱由校那樣對待魏忠賢及其黨羽，該賞賜的照樣賞賜，該封官的照樣封官，魏忠賢反而感到不安，便對出身信王府宦官的司禮監秉筆太監徐應元畢恭畢敬，饋贈珍奇異寶，結為兄弟，並上書乞求辭去東廠提督之職，藉以試探虛實。結果，朱由檢不僅沒有批准，而且還好言相勸，慰留一番，過了兩天，朱由檢准許魏忠賢的對食奉聖夫人客氏，出宮到私人宅第居住。魏忠賢上書乞請免去戶部喪禮香蠟三萬金，朱由檢立即表示同意。
司禮監掌印太監王體乾請求辭職，朱由檢不允。魏忠賢上書乞請停止為其建立生祠，朱由檢批准以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠賢「有功不居，更見勞謙之美」，又以「贊襄典禮」和東江戰功為名給魏忠賢、王體乾等蔭官。通過對魏忠賢、王體乾及其黨羽的恩蔭賞賜，在一定程度上打消了他們的疑慮，也麻痹了他們。
剷除魏忠賢的行動始於「閹黨」內訌。「閹黨」成員南京通政使楊所修參劾崔呈秀等，朱由檢反而「責其輕詆」；另一「閹黨」成員雲南道御史楊維垣，兩度參劾崔呈秀各種罪狀，崔呈秀內心不安，請求回家守制，朱由檢批准其請。
