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皇莊的管理方面，以前是宮內太監負責。後來出現了欺壓佃農的現象，所以進行了改革，行政管理交給了當地官府。
這次屯墾的皇莊，行政管理方面依舊是由地方官府負責，但宮內卻有插手。而且子粒銀折色方面，卻是直接取消了。交租不像以前，佃農也把糧食運到官府指定地點進行折色，然後換成子粒銀上繳皇帝的內帑。而是直接徵收糧食，同時佃農產出多少就徵收多少，沒有定額之說。
也就是說，佃農的土地，一畝若能產出2石小麥，那麼就按照2石小麥的三分之一來徵收。若是只產出1石，那就按照1石徵收。
具體交多少糧食，等到夏收、秋收之時統一核實。
皇莊行政管理任命則是由皇家農業公司負責，在皇莊推行保甲制，即一百戶設一保長，十保為一莊。
相當於，每個皇莊擁有3萬畝土地。
每個皇莊常駐一個農業技術人員，負責農業生產指導，並組織佃農在農閒的時候，對水利設施進行維護。到夏收、秋收之時，皇家農業公司再派人手，對農民收穫的糧食進行統一過秤，然後確定所要繳納的糧食多寡。交上來的糧食，則直接賣給曹金玉負責的糧行。同時也由曹金玉負責收購這些糧食。
同時每個皇莊，春季都種下三畝紅薯的政策，徐光啟也是極為贊同的。三畝地的紅薯，在災年足夠讓農民撐過半年時間。
除了本次準備開墾的521萬畝荒地，此前皇莊的土地，還有300萬畝左右，每年徵收子粒銀才20萬兩。
這其中的利益，明顯被商人給拿去了。
所以這三百萬畝皇莊土地，此次也都併入了皇家農業公司進行管理。同樣推行保甲制，同時對水利進行修繕，佃租也定為三成，不再送到官府進行折色。
這300萬畝皇莊的土地的整頓就不需要太大的成本，而且這些皇莊位置較好，水利再修繕一番，收成是十分不錯的。就算是每畝1石的產量，一年下來也能收取100萬石的糧食，按照0.7兩白銀1石的價格，每年可以收入70萬兩白銀。
朱由校則在等待，尋找整頓京營的契機。只要整頓京營，他就能將京營控制在手中。再加上手上的騰驤四衛，朱由校就真正有和東林黨抗衡的本錢了。
