立海軍。
當秦川學院大張旗鼓地在城內公開授課時，「秦兵軍事學院」也於同日秘密地成立了。校長由戚美鳳擔任，這也是朱由檢早就答應她的。
第一批學員是一團副連級以上軍官，他們已經從鄜州返回了秦王莊。這些軍官都參加過實戰，本身有一定軍事素質，但缺點也同樣很突出：文化水平較低，打仗多憑着經驗與勇敢，熟悉的兵種與裝備較為單一，並且沒有碰上過真正的強敵。
像這種水平，對付同樣半吊子的流賊問題不大，偷襲蒙古人也還湊合，可要對付戰鬥力強悍、組織嚴密的後金軍，恐怕就凶多吉少了，更不要說像荷蘭人和西班牙人這樣的「現代化」軍隊。
所以朱由檢交給自己的令妃戚美鳳的任務也很重。首先要讓學員們系統地學習古今中外的軍事著作，尤其是《孫子兵法》、《武備志》與《紀效新書》，並且講解古今中外著名的戰例。
其次要讓他們每個人都熟悉秦兵的所有兵種，就算他現在不是那個營的，也要有足夠的了解。這一是為了讓軍官們成為多面手，以便在軍官空缺時可以有人隨時頂上；二是為了增強各兵種之間的協同作戰能力。
再者就是向他們詳細講解女真人和倭寇的作戰特點，這一點戚美鳳比誰都有發言權。學習內容還包括軍事地理，也就是遼東、登萊等地的地形，因為秦兵遲早都要走上這個戰場。
而軍事學院的重點課程就是兵棋推演，也就是大家集體探討在某一戰場、某種情況下，如何與後金作戰。
第一次兵棋推演，朱由檢親自參加，推演的內容就是假設後金現在又一次大舉進犯。眾軍官討論的氣氛十分熱烈，不過多是拘泥於寧遠、錦州一帶的攻防戰。朱由檢便趁機說出了自己最大的擔心：「如果本王是賊酋皇太極，僅以少量兵力做為疑兵佯攻寧錦，主力部隊卻繞道蒙古草原，翻越燕山直撲京師，諸位如何應對？」
