水盡? 朝廷沒錢? 他向崇禎說了一句『在外群僚，臣等任之；在內戚畹，非獨斷不可』? 此舉犯了眾怒。
薛國觀那句話『在外群僚，臣等任之；在內戚畹，非獨斷不可』，是這句話成了他與夏言一樣，成為明朝唯二兩個被殺的首輔大臣。
但『在內戚畹，非獨斷不可』，處置宗室這事林延潮不能辦。
若林延潮真的嚴辦，那麼此舉就會被認為是剪除宗室，其中有什麼不可告人之野心。
所以林延潮考慮再三，先將楚宗鬧事的人都抓起來，押解進京讓天子發落。
他拒絕畢自嚴建議，調動湖廣附近三省出兵五路平叛。
林延潮寫信給湖廣地方官員，以及楚王朱華奎，令楚宗犯事的宗室限期自首，以期天子寬大，劫掠朝廷庫銀，天子皇槓的宗室必須如數退繳，如果逃竄，頑抗者一律定斬不饒。
林延潮下令鄖陽巡撫率軍一千人馬象徵性進楚，讓楊鎬替代重傷的趙可懷為湖廣巡撫。
這些手段是針對楚宗的，同時林延潮下令各府縣官員將近十年來諸藩不法之事，盡數上呈刑部議處。
林延潮沒有如之前畢自嚴所提的，將宗室的審案權下放至州府。
但按照刑不上大夫，禮不下庶人的規矩，之前宗室子弟的事是按（大夫）這個等級由禮部來管，但現在上呈至刑部，就是打算按庶人來辦了。
禮部如何處罰宗室，最多不過降爵、革祿，但刑部可以幽囚，拘發，甚至令其自裁。
當然刀子到最後還是沒有落下來，楚宗叛亂的事漸漸平息，打死於道之，劫掠庫銀，皇槓的楚宗子弟，如朱蘊鈐、朱蘊訇，朱華焦，朱蘊鈁，朱英遶等六百餘人盡數被押解進京，聽候天子發落。
楚宗的事正因林延潮冷靜處置，宗室子弟紛紛自首，沒有釀成大亂，美中不足的是劫掠庫銀皇槓的數萬兩銀子，只追回了五六百兩。
但楚藩事後，仍是諸藩震動，行事有所收斂。
不過畢自嚴等數名官員卻是不滿林延潮息事寧人之所為，上疏辭官。
甚至畢自嚴還在與官員們小聚時出言，林延潮自主政以來，廢礦稅廢不成，革漕弊革不成，處置宗室等等，行事皆不利索，雷聲大雨點小，高高舉起輕輕落下，一味求中豈能得中，甚至利用公論清議打擊政敵，轉手自固權位……
畢自嚴當年得罪宮中權貴，幸得林延潮回護方得免去大難，而今居然倒打一耙。
畢自嚴這麼說後，自有人將他的話密告林延潮。林延潮知此笑了笑，不以為然，只是順手同意畢自嚴辭官請求，另授意言官彈劾，將他黜官為民。
畢自嚴離京時，足足有數百名官員與士人前來相送。
成為草民後的畢自嚴，在鄉著書教學，數年後又起復為官，最終官至戶部尚書。其弟畢自肅亦官至遼東巡撫，史雲畢自嚴畢自肅兄弟二人皆是廉臣幹吏。
時火耗歸公在各州府已推行，但下面各州府反對的聲浪不小，也有官員乘此收斂錢財，林延潮讓門生於各省巡視，但凡有人藉此漁利，一律抓拿。
而這時又有官員出來抨擊，蘇浙一帶的百姓，看到絲綢海貿之利，紛紛將種了一半的農田毀去該種作桑樹。此改稻為商之舉，背後正是海商在推波助瀾。
如此至於釀成一股富庶的蘇杭之地也出現了饑荒……糧越賣越貴……
林延潮聞此吃了一驚，海貿這才興起，商業貿易起步之初還達不到『蠶吃人』的地步吧。但言官們仍認為海貿乃重弊，必須全面廢除，繼續回到河漕的重心來。
這令林延潮嗅到了背後陰謀的味道。
後來得知宗室勛戚見海貿暴利，於是見自己吃不到就要把鍋給砸了。
儒門一分為八，王陽明之後王學也作七支。
而事功學派也趨於分化，其中政見溫和的孫承宗一支，持此政見的官員經濟上支持有限度的通商惠工，且主張非天子不議禮，變法必由天子出，這班人多是原先儒家正統士大夫，出身東林或浙黨的官員讀書人。
還有就是如郭正域，方從哲這一支，政見居中，人數最多，持此政見的官員支持全面的通商惠工，但變法必有朝
