8月5日，程璧光與海軍第一艦隊全部抵達廣州。國會議員應孫文電邀，也有150多人到達廣州。但這個數字仍不足法定人數，但眾人認為護法誓在必行，於是決定按照法國的先例，召開「非常國會」。
8月25日，國會非常會議在廣州正式開幕，孫文被選為中華民國軍政府大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥。
在軍政府里，有幾個值得注意的軍界人物。李烈鈞做了總參謀長，許崇智做了參軍長，陳炯明做了第一軍總司令。他們三位都是革命元勛，蔣志清此時還排不上位置。
陳炯明被賦予第一軍總司令的職務，但他只是個光杆司令。孫文希望他成為一個名副其實的司令，他現在總算知道自己手裏沒有軍隊是幹不了事情的。於是，他派胡漢民跟朱慶瀾去談，希望把陳炯明過去的那20營部隊還回來。
此時的廣東其實是桂系的地盤，督軍陳炳焜是陸榮廷的把兄弟和第一干將，他早就惦記着朱慶瀾的部隊。朱慶瀾索性將20營警衛軍交給孫文，並提議由陳炯明擔任省長公署親軍司令。
孫文在廣州所作所為，西南軍閥都當做笑話來看。但聽說孫文要拿走這20營部隊，陳炳焜立即瘋了，馬上出動部隊，將陳炯明的司令部團團圍住，繳去司令大印。親軍司令才做了一天，陳炯明便被逼出走，跑到香港避難。隨即，陸榮廷又親自操縱廣東省議會選舉，將李耀漢推上廣東省長的寶座，又將朱慶瀾逼走。
孫文長嘆一聲道：「難道搞支部隊就這麼難嗎？」
孫文無奈，而陳炯明則被氣得臥病在家。眼看孫文的建軍計劃又成泡影。
天無絕人之路，現在能夠幫助孫文的是段祺瑞。
1917年，張勳復辟，各派勢力組織護法勢力驅逐張勳，並順便謀求自己的利益。
最先獲利的是段祺瑞。他在北京附近擁有支持自己的軍事力量，他於馬廠誓師，帶着5萬軍隊打進北京，一下就將張勳軍驅逐了。段祺瑞回到了北京，卻沒有恢復原來的政府、議會和總統，而是另組臨時參議院。段祺瑞的作為，讓那些失去議員津貼的老國會議員們不滿，還有那些對段祺瑞強勢政府心存餘悸的南方實力派們也很不滿。
孫文號召反段的力量在廣州集結，最先響應的是程壁光和他控制的第一艦隊，
一個新問題又出現了，這些來參加護法的人究竟就是支持孫文，還是支持護法。孫文和其他人的理解不一樣，產生分歧也就很正常了。護法勢力中，最有聲望兩個人，一個是黎元洪，一個是孫文。對於大多數人來說，他們支持黎元洪恢復總統的位置。可是，黎元洪遠沒有支持他的那些人那樣的熱情，他不願意南下，而更願意在天津當炒房、炒股的商人。
黎元洪不願意南下，於是只有孫文可以擔任護法的代言人了。但是護法各派卻希望護法政府和原來的護國軍一樣，大家成立合議制的機構。也就是說，並不是一人說了算，而是遇事協商解決。這與孫文的想法不一樣，他希望護法政府中，一切由他決定。
聯合各派的護法運動實際上已經出現分裂。
段祺瑞主張武力統一，對南方採取不妥協政策，派傅良佐坐鎮湖南，吳光新進駐四川，馮玉祥部進兵福建，從三個方面進擊南方。
陸榮廷對北軍咄咄逼人的攻勢頗為忌憚，擔心後院起火，於是主動緩和與孫文的矛盾，將那20營人馬終於給了陳炯明，但前提是陳炯明領兵去打福建。同時，陸榮廷調走了陳炳焜，而以部將莫榮新做了廣東督軍
從長遠看，這次交易，陸榮廷不合算。軍隊遠比地盤重要，有了這支部隊，孫文的革命事業迎來了新局面，而且最終把廣東也拿到手裏。
儘管孫文命令不能出府門，但他卻制定了一個會師武漢、大舉北伐、統一中國的宏大計劃。他制定的這個計劃，其實是以蔣志清原先的計劃為藍本的。
9月1日孫文在廣州開基立業之時，蔣志清便將一份《對北軍作戰計劃》寄往廣州。蔣志清之所以能這麼快將計劃送到孫文面前，當然是在徐彥卓提醒下，早早制定出來的。
蔣志清對敵我態勢進行了最樂觀的估計，認為我強敵弱，建議護法軍應北進湖南，再克武昌，掃清長江一帶，然後直搗「黃龍」——北京。這一計劃，環環相
第670章 孫文護法
