崢江上這條疆界與後來南北越分治的北緯十七度線非常接近。
相較於鄭氏統治了人口稠密得多的領土，阮氏也具備一些優勢。首先，他們處於守勢的地位。其次，阮氏在他們與歐洲人、尤其是葡萄牙人的接觸中獲益，得以購置較先進的歐洲軍備，在城防中僱傭歐洲的軍事專家。第三，地理形勢對他們有利：大規模有組織的軍隊僅適合平原曠野，而此種地點在越南十分稀少在越南，山嶽幾乎擠進了海里。
南方阮氏的主要據點就在順化。在首次擊退鄭氏的攻勢之後，阮氏建立了兩條主要的堡壘線，橫亘在山海間的狹長的平地中。城牆豎立在順化北方的同海市附近。據說是按照葡萄牙軍事工程師指導下修築的歐式堡壘群，配合大炮和火繩槍形成的堅固防禦體系，使得鄭家的大軍很難突破。
鄭氏為了突破這幾道牆，前後征投入了十萬名士兵，五百頭戰象與五百艘戰船。對阮氏城牆防禦的首度攻擊未能奏效，隨後反覆的進攻持續了數年。到現在戰鬥還在這一「長城」前進行着，無數的越南農民在這一曠日持久的戰爭中淪為不折不扣的炮灰，成千上萬的死去。
對元老院來說，這場戰爭同樣帶給了他們極惡劣的影響在海陽設置的貨棧已經漸漸喪失了廉價糧食收購的優勢。米糧被挪為軍用，農民被抓去當兵，常常還一去不回，田地荒蕪，市場也變得蕭條起來。
因為阮氏在前線的「長城」效果顯著，故而鄭氏從海上襲擾南方的情況時有發生。南方也以牙還牙，雙方在海上的戰鬥同樣十分激激烈。！。
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