往長干里、小長干、東長干以及南市一帶搜尋糧食，劉裕早在他們到來之前便把百姓遷入建康城中。一天下來，變民軍所得甚少。
徐道覆繼續率領兵馬攻打秦淮防線，盧循坐鎮丹陽郡，派出大量兵馬南下搶掠，可是沿途村莊早已空無一人，便連附近的縣城也人去城空，田中稻穀要到八月才熟，現在只能餵馬。變民軍的糧食補給多靠番禺、始興和潯陽方向走水路運送。
六月八日，天子新任劉裕為太尉、中書監，加授假黃鋮，把建康城的安危交於他的手中。劉裕受黃鋮，辭太尉和中書監。
戰事僵持，自六月十五日開始，有兵丁成群結隊從襄陽返回建康城，十天時間便聚集近四千人。劉裕沒想到楊安玄居然真的放歸了被變民軍俘虜的朝廷兵馬，辨識之後將這些兵丁充實到秦淮防線中。
郗恢、陰友齊等人表奏楊安玄之功，司馬德文得知襄陽將大半被俘官軍遣返、建康城中戰力提升的消息，下旨擢升楊安玄為衛將軍，頂了劉毅的缺。如此一來，朝廷職級最高的將軍便是楊安玄了。
接連十餘天，變民軍在徐道覆的率領下與晉軍展開激戰，可是想盡辦法也沖不過秦淮河，而且官軍有越戰越勇之勢，變民軍士氣低迷。
徐道覆發現北府軍訓練有素，相比之下自家軍隊真是一群烏合之眾，什麼戰陣戰術根本不懂，只知憑藉血勇之氣亂殺一氣，順風時士氣高昂，遇逆則垂頭喪氣。
盧循也有些垂頭喪氣，被晉軍阻在秦淮河南岸將近月余，糧草補給越發變得困難，再不走恐怕走不了了。
等徐道覆歸來，盧循道：「此次攻打建康歷時一個多月，糧草將盡，不宜再滯留。愚有意率師回潯陽休整，然後奪取荊州，再慢慢與建康爭戰。」
攻不過秦淮河，麾下兵馬士氣低落，徐道覆亦打算撤出建康休整一番後捲土重來。為防晉軍發現大軍撤走，徐道覆依舊帶着兵馬進攻南塘、越城一帶，盧循率軍撤出丹陽郡，在淮口一帶駐紮，派遣船隻攻打石頭城。
得知石頭城被攻，劉裕回到石頭城，此時他信心百倍，這幾日變民軍的進攻變得有氣無力，分明師老兵疲，只需抓準時機便能擊潰盧循大軍，解建康之圍，立不世之功。
變民軍圍城月余，劉裕的聲望如日中天，不僅在民間口碑極佳，另一方面劉裕與京中門閥的關係得到了改善。
特別是劉裕派沈田子率五百精兵守護在烏衣巷口，保護王謝等門閥的家宅，讓他與世家的關係大為改善，最顯見的變化就是東堂議事變得順暢快捷起來。
這種變化讓劉毅感到沮喪，懊惱自己輕敵敗在變民手中，早知就應駐守新亭、歷城與變民軍相持，如今錯失良機，在很長一段時間恐怕都無法與劉裕爭鋒了。
七月十日，變民軍的艦隊從蔡洲撤走，消息傳到京城，朝野一片歡騰。
自打回京以來，劉裕就沒睡過幾天安穩覺，得知變民軍撤走，劉裕痛痛快快地睡到午時方起。來到府衙大堂，見眾人皆在等他到來。
在一片恭賀聲中，劉裕欣然落坐，看着左右文武，笑道：「此次破賊，諸公皆立大功，愚會向天子奏明按功封賞。」
眾人齊齊起身，對着劉裕躬身施禮道：「多謝主公。」看着堂上抱拳彎腰的眾人，劉裕意得志滿地哈哈大笑。
劉敬宣稟道：「主公，變民軍西逃，應儘快派兵追擊，若讓盧循佔據江州攻打荊州，恐成大患。」
劉裕道：「大軍久戰疲憊，需要休整幾日。先派出偵騎，打探變民軍行蹤，另外變民艦船堅固犀利，不可輕敵。」
頓了頓，劉裕繼續道：「朝廷艦隻不如變民船隊堅固高大，需要儘快重新改造、打造，此次交由振武將軍沈田子負責。」
沈田子躬身應是。劉裕又道：「抓緊時間整飭軍械，積攢軍糧，此事由敬宣你負責。」
交待完軍務，劉裕下令犒賞三軍。等宴罷眾人退下，劉穆之跟着劉裕來到內堂，皺着眉頭道：「主公，那些被楊安玄放回來的兵丁恐怕是個麻煩。」
劉裕一愣，問道：「這些人有什麼問題」
「這些兵丁閒暇時會說起在襄陽的見聞，打雍州描繪成人間樂土，引得不少人心動。聽說楊安玄許諾
