陽城，聞訊率軍與劉藩匯合。徐道覆麾下兵馬疲憊不堪，面對人數佔優的晉軍，勉強堅守了五日。城破，徐道覆被殺。
番禺城下，盧循攻城，城中僅剩二千兵馬，孫處發動百姓上城協守。盧循一面派人攻城，一面四處搜羅百姓搜刮糧食，接連進攻了二十多天番禺城仍未攻克。
沈田子率軍馳援，城中守兵見援軍到來，士氣大振。此時盧循已經聚集了兩萬多人，想以優勢兵力先行擊潰沈田子。沈田子背水列陣，率先朝盧循軍殺去。
不等沈田子沖至陣前，盧循軍先自驚亂，此時孫處率軍從城中殺出，一舉將盧循亂軍擊潰，斬殺俘虜萬餘人。
盧循率殘部往西進入交州，孫處與沈田子率軍追擊，於蒼梧、鬱林、寧浦三戰三捷，孫處卻水土不服染上重病，不久身逝。廣州刺史褚裕之到任，劉藩、沈田子等人奉命率軍返回京城。
盧循竄往交州，攻佔合浦，恰巧山賊李奕等人與交州刺史杜慧度有仇，兩者合兵攻打交州治所龍編。
龍編城外，杜慧度用雉尾炬火焚變民軍船隻，盧循中箭投水而死，杜慧度撈出其屍體斬首，連同盧循之父盧暇、四個兒子以及錄事參軍阮靜等人的首級，全部送到建康。
至此，歷時十一年的孫恩、盧循之亂徹底平定。
朝廷下旨賞功，授劉裕為太尉、中書監，錄尚書事、揚州刺史等官職不變。劉裕知大局已定，這次不再推辭，欣然接受。
天子又以雍州軍南下相助平叛為由，加楊安玄為侍中、驃騎將軍；以後將軍劉毅守護建康、督運輜重之功復任衛將軍，開府儀同三司，重返歷陽任豫州刺史；其他有功將領一併封賞。
劉穆之轉任太尉府司馬，替劉裕在京中招募有才之士，吸納了大批孟昶的參佐入太尉府，原左光祿大夫殷茂之孫、故司徒王謐女婿殷景仁；故太尉謝安之兄謝據曾孫、驃騎長史謝重之子謝晦等俊才都得到劉裕的重用。
劉毅發覺劉穆之對劉裕的幫助極大，在背後替劉裕出謀劃策，不少門閥受其拉攏投靠了劉裕，深忌之。於是常在劉裕面前提及劉穆之權力過重，將來難以抑制，可是劉裕知其心意，反而更加信任劉穆之。
雷池、左里擊敗變民軍後，夏口、潯陽、歷陽收復，劉毅迴轉歷陽城，不久上表朝廷，要求督江州軍事。
劉毅奏稱江州處於要衝，與揚州、豫州聯為一體，是京師的屏障。盧循禍亂之後，江州糜爛，百姓寥落無幾，交通不便，如今燕國已平，胡人難以寇江，應將江州州府與軍政分開，厲行簡易仁愛之政，減輕百姓負擔。
琅琊王因劉裕權柄太重，巴不得有人分權，以天子名義准奏，命衛將軍、豫州刺史劉毅督江州事，移鎮豫章，江州刺史庾悅歸劉毅統轄。
劉毅將鎮所遷至豫章，庾悅的好日子便到了頭。當初劉毅住在京口，尚未入仕，與親友到東堂射箭，恰逢司徒右長史庾悅要用射場，眾人只得避走，唯有劉毅不走，依舊留在東堂射箭。
庾悅隨行帶着廚師，烹飪美味，劉毅見到上前索要烤鵝，被庾悅斷然拒絕，劉毅記恨在心，一直想要報復。
到任豫章後，劉毅命部將趙恢率一千兵馬進駐潯陽，左一道命令右一道公函，讓江州三千文武官吏疲於奔命。即使如此，劉毅對江州事務吹毛求疵，前往潯陽斥責的公文不絕於道，最後劉毅下令庾悅前來豫章聽訓。
庾悅知道劉裕是公報私仇，既氣又懼，到豫章後背上生疽，病逝。劉毅順勢上奏朝廷，請加授江州刺史之職，天子准奏。
劉裕冷眼看着劉毅興風作浪，此時的劉毅已經不放在他心上，只待時機成熟，劉裕自信隨時可以平滅他。
真正被劉裕視為對手的是雍兗刺史楊安玄，楊安玄身為雍兗刺史，梁州刺史楊思平、北青州刺史楊孜敬是他的叔輩，司州刺史魯宗之曾是其麾下，司州更被楊安玄的親信架空，亦如同楊安玄的治下一般。
劉裕與劉穆之多次對兩家實力進行過對比，兩人都認為只比楊安玄略勝半籌。
最大的優勢來自劉裕掌握着朝堂，治下有徐州、北冀州、揚州、廣州、交州、荊州等地，至於豫州、江州雖是劉毅治理，其實與司州的情形差不多，脫不出劉裕的掌心。
第四百零四章風浪不息
