有正二品尚書一名，正三品左右侍郎兩名，且每部各轄四司，共為二十四司。
杜如晦為左相，房玄齡是右相，都是正一品的大員，共同負責政事，但各有側重和分管範圍。
這裏要說的是，大安國的六部和中國自西漢以來形成的三省六部中的六部相比還是有很多的不同，面上來看少了一個刑部，多了一個農部。再往深處來看，各部的職責權力範疇也有很大的不同。
吏部尚書為許敬宗，是管理文職官員的機關，總體來說掌品秩銓選之制，考課黜陟之方，封授策賞之典，定籍終制之法。
下設掌考文職之品級及開列、考授、揀選、升調、辦理月選的文選清吏司；掌封爵、世職、恩蔭、難蔭、請封、捐封等事務的驗封司；掌文職官員守制、終養、辦理官員之出繼、入籍、復名複姓等事的稽勛司和掌文職官之處分及議敘，辦理京察、大計的考功司。
戶部尚書為劉子明，左右侍郎為這幾年跟着劉子明的兩個副手。戶部掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。
隸下設掌鑄錢的錢行司，掌庫藏的庫藏司；掌倉儲及漕務的倉場司；掌工商事務的工商司，可謂是權柄極重，除了一直負責這一塊，且最早跟着王君臨的劉子明，其他人王君臨還真不放心。
禮部尚書為裴世矩。禮部掌典禮事務與學校、科舉之事。考吉、嘉、軍、賓、凶五禮之用；管理全國學校事務及科舉考試和外國之往來事，下設掌嘉禮、軍禮及管理學務、科舉考試事的儀制清吏司；掌吉禮、凶禮事務的祠祭清吏司，掌賓禮及接待外賓事務的主客清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務的精膳清吏司。
另外在四司之外，還設有鑄印局，掌鑄造皇帝寶印及內外官員印信。會同四譯館，掌接待外國貢使及翻譯等事。類似後世的教育部、文化部、外交部等部門。
兵部尚書由李靖擔任。兵部執掌全國士兵的徵召和兵籍的管理，武職官員的除授、封蔭之典，敘功、核過、撫恤，乘載、郵傳之制，甄核、簡練之方，士籍、軍實之數。管理掌全國馬政及驛傳等事。戰時，也可以根據皇帝的旨意，擔任兵馬大元帥。
工部尚書由一直負責鹽場武器裝備生產基地的錢正闊擔任，兩名侍郎分別是格物研究院的院長，墨門的門主兼任，另外一名便是錢正闊的副手董康。
工部為管理全國工程事務的機關，和以前六部中的工部有着很大的不同。職掌土木興建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寢供億之典。凡全國之土木、水利工程，機器製造工程（包括軍器、軍火、軍用器物等），礦冶、紡織等官辦工業無不綜理，並主管一部分金融貨幣和統一度量衡。設四司﹕營繕清吏司，掌宮室官衙營造修繕；虞衡清吏司，掌製造、收發各種官用器物，主管度量衡及鑄錢；都水清吏司，掌估銷工程費用，主管制造詔冊、官書等事；屯田清吏司，掌陵寢修繕及核銷費用，支領物料及部分稅收。
農部尚書是劉子明和杜如晦共同推薦的一人，名叫王灰兒，也是范陽學院第一批畢業的高材生，專攻農學，這幾年遠東軍治下百姓種植各種新品種，年年增收，這個王灰兒功不可沒。農部掌管全國種植業、畜牧業、水產業、農墾等事，在中國封建王朝時代從未單獨設這一部，大安國設農部是王君臨特意堅持所設。
另外，王君臨又設了軍機府，軍機府的主官由秦瓊擔任，正二品大員，軍機府副職為單雄信。軍機府之下直屬機構有軍情府、特戰大隊、鹽城武器裝備生產基地，以及執法隊。
但立國之後的軍情府已經不是沈果兒的軍情府，只是從後者分裂出去的一部分，由瓦崗營的謝映登擔任軍情府統領。
特戰大隊依然是張天岡統領。執法隊統領是聶小雨培養出來的陳小狗。
另外，兵部統領地方的郡兵和縣兵，而軍機府直接統領遠東軍各個野戰部隊。
不過，隨着人馬增加，王君臨準備將各營的規格提升為軍團，所屬人馬編制不變，主將人選只作略微的調整。
比如，老虎軍團主將依然是尉遲敬德，瓦崗軍團的主將依然是徐世績。
不過，王君臨另增設幽州軍團、天衛軍團，幽州軍團主將自然是羅藝，主要負責防務東北，
