崇禎皇帝怒，命禮部進錢千秋卷，閱畢責錢謙益，錢謙益引罪。筆神閣 m.bishenge。com崇禎皇帝嘆曰：「微溫體仁，朕幾誤！」遂叱章允儒」挾私多欲，結黨營私」，王永光給章允儒求情，說他只是一時失言；崇禎帝斥責王永光道：「糊塗，章允儒挾私多欲，卿等難道看不出麼？」崇禎帝遂將章允儒下錦衣衛獄，罷官削籍。
崇禎皇帝思索片刻後，又擬了一道旨意：「錢謙益關節有據，結黨營私，祖宗成法，朕不敢違，着革職查辦，速將錢千秋逮捕歸案，命法司嚴審！」
崇禎皇帝掃了一眼群臣道：「卿等因為如何？」群臣們道：「請皇上息怒，會推閣臣本是件好事，如今反倒處分錢謙益，恐怕與會推事有些不便！」崇禎皇帝怒道：「朕命輔臣們群推閣臣，對愛卿們何等信任，如今反倒推出錢謙益這樣的人！」
看崇禎皇帝余怒未消，群臣們不敢再多言，崇禎皇帝道：「皇祖朝閣中也就一員，如今雖然天下不安，韓爌任首輔，有二、三員也就夠了，會推這件事暫時停了，不用再報名單了。」
群臣們都保持沉默，無助溫體仁者，獨周延儒奏曰：「會推名雖公，主持者止一二人，余皆不敢言，即言，徒取禍耳。且千秋事有成案，不必復問諸臣。」崇禎皇帝讚許的望了周延儒一眼，宣佈退朝。
章允儒及給事中瞿式耜、御史房可壯等，皆坐錢謙益黨，降謫有差；御史毛九華劾溫體仁居家時，以抑買商人木，為商人所訴，賂崔呈秀以免。又困杭州建逆祠，作詩頌魏忠賢。崇禎皇帝命浙江巡撫核實；御史任贊化亦劾溫體仁娶娼、受金，奪人產諸不法事。崇禎皇帝怒其語褻，貶一秩調外。溫體仁乞罷，因言：「比為錢謙益故，排擊臣者百出。而無一人左袒臣，臣之孤立可見。」
崇禎皇帝再召內閣九卿質之，溫體仁與毛九華、任贊化詰辯良久，言二人皆錢謙益死黨。崇禎皇帝心以為然，獨召大學士韓爌等於內殿，諭諸臣不憂國，惟挾私相攻，當重繩以法。溫體仁復力求去以要崇禎皇帝，崇禎皇帝優詔慰答焉。已，給事中祖重曄、南京給事中錢允鯨、南京御史沈希詔相繼論溫體仁熱中會推，劫言者以黨，崇禎皇帝皆不聽。
法司上錢千秋獄，言錢謙益自發在前，不宜坐。崇禎皇帝詔令再勘。溫體仁復疏言獄詞皆出錢謙益手。刑部尚書喬允升一怒之下，召集大理寺卿康新民，太僕寺卿蔣允儀，府丞魏光緒，給事中陶崇道，御史吳甡、樊尚璟、劉廷佐等人共同審理錢千秋案，又請了二十多名各部的官員旁觀，更允許群眾參觀整個審理過程。
自天啟元年科舉案發後，到如今的崇禎元年，已過去了七、八年的時間，錢千秋一直沒有回浙江，留在京城靠着教書維持生計；如今已是「老態龍鍾」、疾病纏身的錢千秋，那裏還得看出來當年也是個「意氣風放」的風流才子，此番被錦衣衛奉旨逮拿在案，錢千秋早就嚇得渾身發抖，面色慘白。
可是讓錢千秋更加感到懼怕的還在後面，上了大堂，他放眼望去，皆是衣冠禽獸，在京師呆久了，錢千秋也能分辨出這些官的大小，那個領頭的居然是穿着緋袍，補子上繡着仙鶴，赫然是位一品大員（刑部尚書），還有眾多二品、三品的大官……等等錢千秋腦袋一陣發暈，自己這是犯了什麼大案了，居然要這麼多大官公開審理?
就在錢千秋還在發暈的時侯，刑部尚書喬允升一拍驚堂木，喝道：「錢千秋，你速把天啟元年的那件科舉案從速招來！」錢千秋聽到是那件科舉弊案，反倒放心了，於是將當年的情形一五一十地說了出來。
原來明代的科舉，因為中了舉以後，可謂「名利雙收」；因此各種針對科舉
