王敦最後奏曰「臣門戶特受榮任，備兼權重，渥恩偏隆，寵過公族。行路廝賤猶謂不可，臣獨何心可以安之。臣一宗誤陛下，傾覆亦將尋至；雖復灰身剖心，陛下追悔將何所及！伏願諒臣至款，及今際會，小解散之，並授賢俊，少慰有識，各得盡其所懷，則人思競勸矣。州牧之號，所不敢當，輒送所假侍中貂蟬。又宜並官省職，以塞群小覬覦之望。」
晉元帝司馬睿優詔不許。王敦又固辭州牧，聽為刺史。時劉隗用事，頗疏間王氏，王導等甚不平之。王敦上疏曰
「導昔蒙殊寵，委以事機，虛己求賢，竭誠奉國，遂藉恩私，居輔政之重。帝王體遠，事義不同，雖皇極初建，道教方闡，惟新之美，猶有所闕。臣每慷慨於遐遠，愧憤於門宗，是以前後表疏，何嘗不寄言及此。陛下未能少垂顧眄，暢臣微懷，雲導頃見疏外，所陳如昨，而其萌已著，其為咎責，豈惟導身而已。群從所蒙，並過才分。導誠不能自量，陛下亦愛忘其短。常人近情，恃恩昧進，獨犯龍鱗，迷不自了。臣竊所自憂慮，未詳所由，惶愧踧躇，情如灰土。天下事大，盡理實難，導雖凡近，未有穢濁之累；既往之勛，疇昔之顧，情好綢繆，足以歷薄俗，明君臣，合德義，同古賢。昔臣親受嘉命，雲「吾與卿及茂弘當管鮑之交。「臣忝外任，漸冉十載，訓誘之誨，日有所忘；至於斯命，銘之於心，竊猶眷眷，謂前恩不得一朝而盡。
伏惟陛下聖哲日新，廣延俊乂，臨之以政，齊之以禮。頃者令導內綜機密，出錄尚書，杖節京都，並統六軍，既為刺史，兼居重號，殊非人臣之體。流俗好評，必有譏謗，宜省錄尚書、杖節及都督。且王佐之器，當得宏達遠識、高正明斷、道德優備者，以臣暗識，未見其才。然於見人，未逾於導；加輔翼積年，實盡心力。霸王之主，何嘗不任賢使能，共相終始！管仲有三歸反坫之識，子犯有臨河要君之責，蕭何、周勃得罪囹圄，然終為良佐。以導之才，何能無失，！當令任不過分，役其所長，以功補過，要之將來。導性慎密，尤能忍事，善於斟酌，有文章才義，動靜顧問，起予聖懷，外無過寵，公私得所。今皇祚肇建，八表承風；聖恩不終，則遐邇失望。天下荒弊，人心易動；物聽一移，將致疑惑。臣非敢苟私親親，惟欲忠於社稷。」
王敦上表至，王導未看，封起來以還王敦，王敦復遣奏之。
王敦「蜂目豺聲」，雅尚清談，口不言財色。既素有重名，又立大功於江左，手控強兵，群從貴顯，威權莫貳，遂欲專制朝廷，有問鼎之心。晉元帝司馬睿畏懼、厭惡之，遂引劉隗、刁協等以為心膂。王敦益發心裏不能平靜，於是雙人之間的嫌隙開始構成矣。
王敦每酒後輒詠魏武帝曹操樂府歌曰「老驥伏櫪，志在千里。烈士暮年，壯心不已。「以如意打唾壺為節，壺邊盡缺，以表達憤慨之意。湘州刺史甘卓遷梁州，王敦欲以從事中郎陳頒代甘卓，晉元帝司馬睿不從，更以譙王司馬承鎮湘州。晉元帝司馬睿謂司馬承曰「湘州南楚險固，在上流之要，控三州之會，是用武之國也。今以叔父居之，何如？」
王敦復上表陳古今忠臣見疑於君，而蒼蠅之人交構其間，欲以感動天子。晉元帝司馬睿愈忌憚王敦。只加了王敦羽葆、鼓吹，增從事中郎、掾屬、舍人各二人。晉元帝司馬睿以劉隗為鎮北將軍，戴若思為征西將軍，悉發揚州奴為兵，外以討伐胡人，實御王敦也。永昌元年，王敦以誅劉隗為名挑起內戰，曰
「劉隗前在門下，邪佞諂媚，譖毀忠良，疑惑聖聽，遂居權寵，撓亂天機，威福自由，有識杜口。大起事役，勞擾士庶，外托舉義，內自封植；奢僣過制，乃以黃散為參軍，晉魏已來，未有此比。傾盡帑藏，以自資奉；賦役不均，百姓嗟怨；免良人奴，自為惠澤。自可使其大田以充倉廩，今便割配，皆充隗軍。臣前求迎諸將妻息，聖恩聽許，而隗絕之，使三軍之士莫不怨憤。又徐州流人辛苦經載，家計始立，隗悉驅逼，以實己府。當陛下踐阼之始，投刺王官，本以非常之慶使豫蒙榮分。而更充征役，復依舊名，普取出客，從來久遠，經涉年載，或死亡滅絕，或自贖得免，或見放遣，或父兄時事身所不及，有所不得，輒罪本主，百姓哀憤，怨聲盈路。身欲北渡，以遠朝廷為名，而密知機要，潛行險慝，進人退士，高下任心，奸狡饕餮，未有隗比，雖無忌、宰嚭、弘恭
