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而在稅收改革的同時，花錢的改革也在進行當中——在朱慈烺看來，明朝不僅是收錢的效率低下，花錢的效率同樣很低！
提升花錢效率的第一步，則是大幅削減宗祿的支出，同時增加各級官吏實際的俸祿所得，並且取消「折色」和實物俸祿，一律改發白銀。同時再研究設立職田——就是將清屯查田所得到的土地中的一部分充做職田發放給文武官員，以便讓他們獲得一筆可觀的田租收入。
雖然加俸未必能制止貪污，但是之前那種在本來就低的俸祿水平上再加各種折色的做法，很有一點黑心老闆剋扣工資的意思。對於老家在東南，可以通過詭寄和免稅優待獲利的官員倒是無所謂，可是對於跟着朱慈烺南下的「官僚無產階級」就不行了。
朱大太子可不會讓自己人吃虧！
至於削減宗祿的支出，在某種程度上是託了李自成、張獻忠的福。現在明朝絕大部分的宗藩所在之地，都被這兩位打破。朱家的宗室子弟，要麼死去，要麼失聯。僥倖逃亡到南京的宗室人數本就不多，而藩王、郡王的死亡、失蹤比例更高！即便跑到南京，也是「失藩」的王爺，根據祖制就有罪過。
朱慈烺能在南京賞他們一座王府，給個代降的王爵，再給點打了折的俸祿，他們就已經感激不盡了。
而在削減宗祿支出的同時，朱慈烺還決定中止「宗禁」和「永世皇族」這兩項給大明財政造成極大負擔的制度。
而作為一個重要的花錢部門，工部的改革同樣刻不容緩。明朝工部管轄營繕、虞衡、都水、屯田四個清吏司及營繕所、文思院、皮作局、鞍髻局、寶源局、顏料局、軍器局、節慎庫、織染所、雜造局、竹木局、柴炭局等。
這套配置在明初的時候是不錯的，畢竟明初時期工商業經過多年戰亂和蒙古人的摧殘，元氣沒有恢復。所以「匠戶」上番服役加上官營手工業的方法是合適的。
而到了現在，匠戶制早就名存實亡。在江南這種工商業非常繁榮的地方，情況更加突出。沒有了匠戶，官營手工業也就沒了廉價勞動力，再加上文官缺乏管理手工業的能力，所以工部下轄的官營工場效率極低——那些炸膛槍、炸膛炮就是他們生產的！
這個情況必須加以改變！
而改革工部的思路，當然就是別無選擇的市場化——朱慈烺現在既沒有能夠管理手工業的官員，也沒有多少手藝嫻熟的匠戶，根本就不可能全面振興官營手工業。雖然有一些天津追隨而來的「義從匠戶」，但是這些的手藝並不怎麼樣，明軍使用的那些炸膛槍不就是他們的傑作？而且他們是「義從」，是有功勞的，工部還得發他們一份高薪！
依靠他們，工部最多也就設立一個火銃工場，一個甲冑工場，一個刀盾工場，一個鑄炮場和一個弓箭工場。這些工場使用的原材料還得採購，而且產量也根本不可能滿足需求——這個時代用簡陋的鑽床加工一根槍管需要二十天到一個月，生產一張優質的複合弓需要幾個月也許更久！而在南京這裏，短期內能夠投入使用的鑽床也就一二百台。能夠僱傭到的造銃良匠就更少了，畢竟江南本就造不出多少能用的火銃，也就沒什麼匠人了。而手藝活也沒辦法開金手指，所以在工場開設的初期，產量不高是肯定的，而且良品率肯定也很低。
所以大規模的武器供應，還得依靠市場，特別是吸引佛山的鐵匠北上創業來解決。
至於刑部，倒是暫時不必大改，雖然明朝刑律、刑部不合理的地方不少，但畢竟不是當務之急。
而這一大堆的改革項目，都是要得罪人的雖然朱大太子不怕得罪人，但也不能總當惡人啊！
