一、早年仕途
孫士毅的早年仕途充滿了曲折與機遇。乾隆二十六年（1761年），他通過科舉考試，成為一名進士，開始了他的官宦生涯。起初，孫士毅以知縣的身份等待授官，然而他的才華很快就引起了皇帝的注意。第二年，即乾隆二十七年（1762年），乾隆帝南巡期間，特別召見孫士毅並讓他參加考試。這次機會對孫士毅來說至關重要，因為他憑藉優異的表現被授予內閣中書一職，並且很快又升遷為軍機章京，隨後又被提拔為侍讀。這一系列快速的晉升，顯示了孫士毅不僅具備出色的行政能力，而且在學術上也有很高的造詣。
乾隆三十四年（1769年），當大學士傅恆率領大軍遠征緬甸時，孫士毅因其出色的文書處理能力和對政務的深刻理解，被委派掌管章奏，負責處理前線與朝廷之間的文書往來。戰爭結束後，由於他在軍中的出色表現，孫士毅得到了應有的表彰，先是被任命為戶部郎中，不久之後又晉升為大理寺少卿。這個時期，孫士毅的職業生涯達到了一個小高峰，他不僅在中央政府中擔任重要職位，而且還被派遣到地方任職，擔任廣西布政使，隨後更是被提拔為雲南巡撫。
然而，好景不長。乾隆四十五年（1780年），雲貴總督李侍堯因貪污腐敗被揭發罷官，孫士毅因未能及時檢舉李侍堯的不法行為而受到牽連，導致他被解除了雲南巡撫的職務，並被發配至伊犁，家產也被抄沒，生活陷入困頓。這段經歷對孫士毅來說是一次沉重的打擊，但他並沒有因此而放棄自己的信念和追求。
幸運的是，乾隆帝後來認識到孫士毅為官清廉，並對其過往的貢獻給予了肯定。為了彌補之前的錯誤，乾隆帝決定給予孫士毅新的機會，任命他為《四庫全書》的編纂者之一，並授予他翰林院編修的職位。在編纂《四庫全書》的過程中，孫士毅展現出了極大的敬業精神和學問深度。書成之後，他被提升為太常寺少卿，這標誌着他的官職得到了恢復。
之後，孫士毅再次被委以重任，先後擔任山東布政使和廣西巡撫。當他遷任廣東巡撫時，面對廣東複雜的治安環境，孫士毅立即向朝廷提出了自己的見解，強調只有保持個人的廉潔，並嚴格管理下屬，才能有效地治理地方。乾隆帝對此表示讚賞，並鼓勵他學習前任廣東巡撫李湖那種雷厲風行的作風。
二、總督兩廣
不久之後，孫士毅被任命為代理兩廣總督。在這個職位上，他面臨着一系列挑戰，包括如何提高軍隊的戰鬥力和改善地方治理。陝甘總督福康安提出加強軍隊訓練的建議後，乾隆帝命令包括雲南、貴州、四川、兩廣、福建在內的多個省份參照執行。孫士毅積極響應這一號召，向朝廷提議在廣東訓練水陸士兵共計28,532人，在廣西訓練士兵11,296人。他主張選拔身體健壯、技藝熟練的人進行訓練，並要求各地的督撫提鎮切實履行訓練職責，同時制定了嚴格的規章制度來改變長期存在的不良習慣。乾隆帝對於孫士毅的提議表示贊同，認為這些措施可以逐步實施，但必須確保效果。
在擔任兩廣總督期間，孫士毅面對的另一個重大問題是廣東地區的民風彪悍和大量未繳納的賦稅。一些地方官員要麼向上級報告，要麼用自己的私財來填補缺口，但這些方法並沒有從根本上解決問題。孫士毅深入調查後，派遣精明能幹的官員前往欠稅最嚴重的地區，依據當地的賬目進行核查，並將核查到的款項用來償還那些自掏腰包的官員。這種做法既解決了欠稅問題，又保護了基層官員的利益，贏得了乾隆帝的高度評價。
在處理地方治安方面，孫士毅同樣表現出色。茭塘地區聚集了許多盜賊，他們不僅反抗官軍，還傷害官員。孫士毅果斷採取行動，捕獲了叛亂頭目，並公開處決，以此震懾犯罪分子。乾隆帝對此十分滿意，獎勵了孫士毅頂戴花翎的榮譽。
此外，孫士毅還處理了前任兩廣總督富勒渾的僕人貪污事件。他按照法律程序處理了這些違法行為，並促使富勒渾因此被罷官。乾隆帝鑑於孫士毅公正無私的態度，正式任命他為兩廣總督。面對前任提出的關於廣東鹽務改革的問題，孫士毅提出了具體的解決方案，包括調整運船數量、恢復原有的稅
