一、即位之初
林丹汗即位之時，正值蒙古內部權力分散且外部壓力重重的關鍵時刻。萬曆三十二年（1604年），年僅十三歲的林丹汗繼承了汗位，成為蒙古大汗，他繼承的是一個已經衰敗的汗國。此時的蒙古汗權不再像昔日那樣強大，各部落各自為政，其中科爾沁、內喀爾喀、土默特、鄂爾多斯等部已經不再完全服從於蒙古大汗的指揮，而僅僅是名義上的共主。這些部落中，有的已經傾向於獨立，有的則與後金有着密切的聯繫。同時，漠西的瓦剌部依然保持着與北元的敵對狀態。
林丹汗即位之初，在明朝的官方記錄中也有所體現。萬曆三十四年（1606年）十月，明朝兵科都給事中宋一韓在其奏文中提到林丹汗，稱其為「凌丹憨新立」，暗示了林丹汗剛繼位不久且尚未樹立權威的事實。同時，宋一韓還指出，儘管當時的蒙古內部存在分裂，但由於土蠻（布延汗）去世，明朝暫時得以喘息。宋一韓認為，林丹汗作為一個「窮餓之虜」，尚未獲得足夠的實力來應對複雜的局面。
次年七月，兵部尚書蕭大亨也在上疏中分析了邊防形勢，提到了林丹汗「幼憨嗣立，懦弱未威」，這意味着年輕的林丹汗尚未能夠建立起強大的個人權威來統領蒙古各部。這種描述反映了明朝對林丹汗早期統治能力的看法。
萬曆三十七年（1609年），遼東巡按熊廷弼在報告中也提到林丹汗「尚不能統眾」。這表明，在林丹汗即位後的幾年裏，他仍然未能有效地團結蒙古各部，也沒有足夠的力量來應對明朝或者後金的威脅。
二、崛起壯大
林丹汗即位數年後，其威望與實力逐漸提升。萬曆四十年（1612年），林丹汗首次率軍三萬侵入明朝邊境，雖然此次行動未能取得顯着成果，但顯示出了林丹汗擴張領土的野心。隨後的幾年裏，他繼續加強自己的軍事力量，並在萬曆四十三年（1615年）秋天發起了更加大規模的軍事行動。這一年，林丹汗親自率領數萬軍隊，連續三次襲擊明朝邊境，從廣寧到錦州的戰線綿延數百里，聲勢浩大，明朝方面對此表示震驚，稱林丹汗為「虜中名王，尤稱桀驁」。
萬曆四十五年（1617年），林丹汗送回了之前擄掠的明朝人口，並獲得了與明朝進行貿易的權利。這一舉動不僅緩解了與明朝的緊張關係，也提升了他在蒙古諸部中的聲望。
值得注意的是，在萬曆四十三年（1615年）的軍事行動中，林丹汗與內喀爾喀五部盟主卓里克圖洪巴圖魯（明朝稱為炒花）聯手，顯示出內喀爾喀已經屈服於林丹汗的控制之下。這一時期，林丹汗採取了一系列措施加強自己的汗權，包括修建都城察漢浩特（意為「白城」，位於今內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗境內的查干浩特城址），並使用《圖們汗法典》約束諸部，促使漠南諸部重新向大汗朝覲。林丹汗的理想不僅僅是加強察哈爾部的力量，而是要恢復成吉思汗的霸業，這一點從他的尊號「神中之神全智成吉思隆盛汗」、「林丹呼圖克圖聖武成吉思大明薛禪戰無不勝無比偉大恰克剌瓦爾迪太宗上天之天宇宙之玉皇轉金輪法王」中可見一斑。
同樣是在萬曆四十五年（1617年），林丹汗在西藏薩迦派僧侶沙爾巴呼圖克圖的勸說下，從原本信仰的黃教（格魯派）改宗為紅教（薩迦派，廣義上與寧瑪派、噶舉派皆屬紅教）。當時，黃教已經在蒙古地區傳播了幾十年，擁有深厚的根基。林丹汗的改宗行為無疑加劇了信奉黃教的蒙古諸部對他的離心傾向，這對他的統一蒙古大業產生了不小的阻礙。
三、交惡後金
隨着努爾哈赤在東方建立起後金汗國，林丹汗面臨了一個新的強大對手。努爾哈赤不僅對明朝構成了威脅，同時也對林丹汗的統治造成了壓力。努爾哈赤通過與科爾沁、內喀爾喀等部的聯姻，逐步削弱了林丹汗在蒙古諸部中的影響力。
萬曆四十六年（1618年），努爾哈赤發動了對明朝的戰爭，明朝在薩爾滸之戰中遭受慘敗，遼東地區岌岌可危。明朝開始考慮利用林丹汗來對抗努爾哈赤。同年九月，明朝遼東經略楊鎬提出了「制東夷在先款西虜」的策略，旨在利用林丹汗的力量
