特地下詔免她對皇太子李重俊、長寧公主等人行禮。中宗朝，韋後與安樂公主亂權，唯懼太平公主多謀善斷。太子李重俊謀反，安樂公主與宗楚客想趁機陷害太平公主與相王李旦兄妹，遂誣告他們與太子同謀，因主審官御史中丞蕭至忠對李顯流淚進諫，「陛下富有四海，不能容忍一弟一妹，而讓人羅織罪名殘害嗎！」太平公主與李旦而得以倖免於難，但太平公主與安樂公主的敵對已明顯白熱化。
李顯被韋後與安樂公主毒死，上官婉兒與太平公主一起草擬遺詔，立溫王李重茂為皇太子，皇后知政事，相王李旦參謀政事，試圖在韋後與皇族之間謀取平衡，但宗楚客與韋後黨羽商議，改相王李旦為太子太師，架空了李旦，打破了這一平衡。太平公主派其子薛崇簡與劉幽求，一起參與了李隆基等誅殺韋後的行動，清除了韋氏黨羽，並親手將李重茂拉下皇位，擁立相王李旦復位，是為唐睿宗。太平公主因此番功勞而晉封萬戶，為唐朝公主權勢之頂峰。
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太平公主屢立大功後，權勢地位更加顯赫重要，李旦經常同她商量朝廷的大政方針，每次她入朝奏事，都要和李旦坐在一起談上一段時間，有時她沒去上朝謁見，李旦會派宰相到她的家中徵求她對某些問題的處理意見。每當宰相們奏事的時候，李旦就要詢問：「這件事曾經與太平公主商量過嗎？」接下來還要問道：「與三郎商量過嗎？」在得到宰相們肯定的答覆之後，李旦才會對宰相們的意見表示同意，三郎指的是皇太子李隆基。
凡是太平公主想幹的事，李旦沒有不同意的，朝中文武百官自宰相以下，或升遷或降免，全在她的一句話，其餘經過她的舉薦而平步青雲擔任要職的士人更是不可勝數。由於太平公主的權勢甚至超過了李旦皇帝，所以對她趨炎附勢的人數不勝數。太平公主的兒子武崇行、武崇敏、薛崇簡三人都受封為王。太平公主的田產園林遍佈於長安城郊外各地，她家在收買或製造各種珍寶器物時，足跡遠至嶺表及巴蜀地區，為她運送這類物品的人不絕於路。太平公主在日常衣食住行的各個方面，也處處模仿宮廷的排場。
李旦則試圖在李隆基和太平公主之間尋求政治平衡，以避免傷害到任何一人，在此期間，太平公主曾勸說李旦下旨，搜集編撰了上官婉兒的着作，保留了這位才女的作品。太平公主認為太子李隆基還很年輕，因而起初並未把太子放在心上，不久之後又因懼怕太子的英明威武，轉而想要改立一位昏庸懦弱的人作太子，以便使她自己能長期保住現有的權勢地位。太平公主屢次散佈流言，聲稱「太子並非皇帝的嫡長子，因此不應當被立為太子。」
李旦頒下制書曉諭警告天下臣民，以平息各種流言蜚語，太平公主還常常派人監視李隆基的所作所為，即使一些細微之事也要報知李旦。此外，太平公主還在李隆基身邊安插了很多耳目，李隆基心裏感到十分不安，太平公主同益州長史竇懷貞等結成朋黨，想加害於太子李隆基，便指使她的女婿唐晙邀請韋安石到自己的家中來，韋安石堅決推辭，沒有前往。
李旦曾經秘密地召見韋安石，對他說：「聽說朝廷文武百官全都傾心歸附太子，您應當對此多加留意。」韋安石回答說：「陛下從哪裏聽到這種亡國之言呢！這一定是太平公主的主意。太子為宗廟社稷立下了大功，而且一向仁慈明智，孝順父母，友愛兄弟，這是天下人都知道的事實，希望陛下不要被讒言所迷惑。」李旦聽過這話之後十分驚異地說：「朕明白了，您不要再提這件事了。」
當時，太平公主正在帘子後面偷聽他們君臣之間的談話，事後便散佈各種流言蜚語對韋安石橫加陷害，想把他逮捕下獄嚴加審訊，多虧了郭元振的救助才得以倖免。太平公主還曾乘輦車在光范門內攔住宰相，暗示他們應當改立皇太子，在場的宰相們全都大驚失色。宋璟大聲質問道：「太子為大唐社稷立下了莫大的功勞，是宗廟社稷的主人，公主為什麼突然提出這樣的建議呢！」
宋璟與姚元之秘密地向李旦進言道：「宋王李成器是陛下的嫡長子，豳王李守禮是高宗皇帝的長孫，太平公主在他倆與太子之間互相構陷，製造事端，
