然開始時還算順利，但當李克用率領主力部隊趕到後就難以抵擋了，接連吃了敗仗，李匡威和赫連鐸狼狽逃走，人馬損失一萬多，連李匡威的兒子和赫連鐸的女婿都成了李克用的俘虜。在打敗李匡威和赫連鐸後，李克用率領大軍掉頭殺向張浚，輕鬆地擊潰了張浚的軍隊，河東戰役到此告一段落。
唐昭宗面對這種結局，心中懊惱自己的判斷失誤；沮喪自己即位後所做的削藩努力通通付之東流；傷心自己組建的禁軍在這一戰中損失殆盡，恐懼李克用以武力相威脅。為了平息李克用的怒火，昭宗罷免了當初贊成出兵的官員。
這兩次失敗，使唐昭宗的威望損失殆盡，逐漸淪落為諸侯們隨意侮辱的對象。討伐李克用的失敗使藩鎮對朝廷更加藐視，最直接和最可怕的對手就是李茂貞。此時的李茂貞已經加封為隴西郡王，勢力有了大的發展，他開始對朝政關心起來，有了當皇帝的意思，一些大臣認為他指手畫腳，眼中沒有君主，便對他加以斥責。李茂貞不肯服軟，立即修書一封反擊，朝中一些大臣為了鞏固自己的權勢，也和李茂貞聯合，對抗其他大臣，這使李茂貞更加驕橫，言語當中經常有不恭敬之詞。
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李茂貞在一封寫給昭宗的信中嘲笑朝廷的軟弱態度，信的結尾這是那句名言，「未審乘輿播越，自此何之！」，唐昭宗勃然暴怒，與宰相杜讓能商議懲罰李茂貞，杜讓能卻進諫道：「陛下初登大寶，國難未平，李茂貞近在國門，不宜與他構怨，萬一不克，後悔難追。」昭宗大罵讓能：「王室日卑，號令不出國門，這正志士憤痛的時候，朕不能坐視陵夷，卿但為朕調兵輸餉，朕自委諸王用兵，成敗與卿無干。」戰爭是打響了，但朝廷的軍隊還是以失敗告終，李茂貞領兵進軍長安問罪。忠心的宰相杜讓能站出來，用性命為昭宗化解了一難，此後大臣們也和昭宗走的遠了。
李茂貞指使宦官殺死宰相崔紹緯，再次移師長安，唐昭宗被迫逃往河東去尋求李克用的庇護。而走到半路被李茂貞的盟友、華州刺史韓建追上，韓建恐嚇昭宗說：「車駕渡河，無復還期。」挾持昭宗，抵達華州。堂堂一國之君就這樣被大臣幽禁了將近三年。期間，皇室宗親覃王李嗣周，延王李戒丕，通王李滋，沂王李禋，彭王李惕，丹王李允，及韶王、陳王、韓王、濟王、睦王等十一人被殺。
朱溫佔據了東都洛陽，局勢發生了重大變化，導致李茂貞、韓建和李克用建立暫時的聯盟，他們決定寧可讓昭宗回到長安，也不能讓他落到朱溫手裏。唐昭宗回到長安，改元「光化」，以資慶祝，在宦官和官僚們之間的舊有矛盾又引起了另一場危機。以中尉劉季述為首的宦官垂死掙扎，進行最後的抗爭，他們策劃廢黜唐昭宗，擁立太子。
宦官們實現了他們的計劃，將昭宗關在了最熟悉的少陽院，為了防止昭宗逃跑，又熔鐵澆在鎖上，每日的飯食則從牆跟挖的小洞裏送進去。但是宦官們害怕李克用、李茂貞和韓建等人會興師問罪，將包袱拋給了朱溫。而朱溫並不想在殘酷的宮廷政治中使自己陷得太深，相反他派人將實行政變的宦官們一個個都暗殺了，擁立昭宗復位，昭宗改元天復，加封朱溫為梁王。
而李茂貞聽說昭宗復位，特意從鳳翔趕到長安，厚顏無恥的請求加封岐王，無功受祿，顯得異常跋扈。此後，宰相崔胤想借朱溫的力量誅殺宦官，大宦官韓全誨則和李茂貞聯合，請來李茂貞的幾千兵馬駐守京城，保護長安。半年後朱溫領兵討伐韓全誨，韓全誨便迫使昭宗一起逃到了鳳翔，朱溫緊追不捨，將鳳翔城包圍起來。一直圍困了一年多，李茂貞守得糧草用盡，從冬到春，雨雪又多，城裏每天餓死和凍死的就有一千人，唐昭宗在宮中弄個小磨，每天磨豆麥喝粥，喝得他一點力氣也沒有。宮人們每天也有三四人死亡，百姓更慘，吃人的現象都很普遍了，「人肉每斤值百錢，犬肉值五百錢，每日進奉御膳，就把此肉充當。」
李茂貞實在沒法再守下去了，和昭宗商量了一下，便將韓全誨等二十多名宦官斬殺，將他們的首級送給城外的朱溫，同時將昭宗也交給了朱溫，朱溫帶着到手的皇帝撤兵東去。回到長安，朱溫命令他的士兵將幾百名剩下的宦官趕到內
