而真人類帝國在對抗聖約同盟的千年戰爭中，亦面臨大量帝國公民被聖盟俘虜和洗腦的問題，同樣也俘虜了不少聖盟人，還有被聖盟洗腦過的原帝國公民。
為了令這些被洗腦的帝國公民恢復正常，更為了探究「三大本源法則」的奧秘，帝國同樣對聖盟人的大腦進行了各種不擇手段的研究，得到了諸多珍貴的腦域掃描圖，並對洗腦技術，有了更深層次地了解。
所謂「洗腦」，看起來玄之又玄，不可思議，其實不過是心理暗示，深度催眠等等思維干涉技術的升級版本。
人類的一切自我認知乃至自由意志都來自於對物質世界的反饋，甚至以某種條件反射般的方式，烙印在腦細胞之中，那些堅定不移的想法乃至堅不可摧的道心，都來源於腦細胞深處閃耀的火花，並非不能改變的。
只要能找准大腦中相應的區域，對腦細胞進行某種程度的細微改變，產生病理性的永久變化，就有可能徹底改變一個人的想法。
在醫學上，就有很多做了大腦手術，切除或者植入某部分腦組織之後，令人性格大變，面目全非的例子。
甚至有人遭遇意外，大腦嚴重受創，在失去部分記憶的同時，卻又掌握了以往絕不掌握的技能。
這些例子，雖然不是真正的洗腦，但原理是相通的。
至於沒有腦組織，只有神魂的鬼修，對他們進行干涉和篡改就更容易了——沒有靈械義體的保護，天然環境下的鬼修，原本就極容易分裂了三魂七魄，徹底迷失自己，甚至和別人的腦電波混雜在一起，變成非人非鬼的存在。
總之，從技術上來說，「洗腦」並非天方夜譚，而是醫學、催眠術、冥想術等多領域技術精華的凝聚，是客觀存在的。
包括李耀擅長的精神攻擊，在敵人腦域深處製造出極其恐怖的幻象，令敵人沉浸在莫大的恐懼中不可自拔——這又何嘗不是一種洗腦？
倘若敵人的神魂稍弱，甚至會將幻象當成真實，永生永世沉溺其中，完全掙脫不出來。
李耀來到真人類帝國之後，也曾通過厲靈海還有小明和文文的渠道，弄到了不少聖盟人的大腦切片掃描圖像。
他將這些圖像和在星耀聯邦發現的盤古族、女媧族大腦掃描圖進行對比，十分驚訝地發現，無論聖盟人還是盤古族或者女媧族，在大腦的某部分特定區域，都發生了非常相似的變異！
身高不到兩米的人類，以及人首蛇身，身高從七八米到幾十米不等的盤古文明諸多種族，從外形上看自然天差地別，截然不同。
但他們的大腦卻出乎意料的相似，只是大小、體積有所區別，大腦皮層、腦溝迴路乃至腦細胞的結構，都基本一致。
如果非要說有什麼區別的話，那就是人類的大腦比盤古文明的十三個種族更加精緻，就像是截取了十三種碳基生命大腦的優勢，以巧奪天工的方法凝聚到一起，能夠以更小的腦容量、更低的能耗，激盪出更強大的思維和修煉潛能，也能適應無數環境惡劣，連盤古文明都無法生存的殘酷星球。
而在進行了上萬幅大腦掃描圖的對比之後，李耀發現，無論聖盟人還是盤古族的腦域深處，都有某一塊區域發生了人為製造的畸變。
之所以說是「人為製造」，因為普通人和女媧族的腦域深處，同樣的區域，就很少發生變化。
李耀判斷，這塊畸變區域，應該就是「至善之道——三大本源法則」的烙印。
雖然人類是盤古文明製造的工具，但畢竟是一種擁有高度智慧和發達思維能力的高級生命，天生就是崇尚自由的，盤古文明為了讓人類乖乖服從他們的命令，自然從一出生就要給人類的大腦乃至基因鏈都打上「烙印」，讓人類接受長年累月不間斷的洗腦，才能將盤古文明奉若神靈。
這其中，又以大腦封印最為堅固，直接從腦細胞，就將人類的尊嚴、驕傲和不甘統統鎖死。
另一方面，三大本源法則和至善之道還不完全是一碼事，前者僅僅是人類要遵循的法則，但後者講究無情無欲，寧靜和平，將個體的野心和資源的需求都壓縮到極致，是人類和盤古文明都要遵循的第一法則。
盤古文明在對人類實施洗腦之前，就對自己
