然辭職退隱而去。
韓爌離職後，朱國禎成為首輔，李蕃攻擊他，朱國禎被迫離職，顧秉謙代替他成為首輔，公卿百官都成為魏忠賢的私黨了。逆黨李魯生受魏忠賢指示，彈劾韓爌，將韓爌除名，剝奪官籍。崔呈秀、楊維垣等又利用其他事件，判他窩藏贓款二千兩，令巡撫收他的家僕韓三交付詔獄，令韓三誣陷他，韓三至死不肯妄招，許顯純也未敢捏造供詞。韓爌依然不得已出賣田宅和向親友借貸，償還了所謂「贓銀」，以至無處棲身而居於先人墓地。當時，閹黨所作的《天鑒錄》《東林點將錄》等，韓爌皆名列前排。
有些人爭相請求皇上徵召任用韓爌，被逆黨楊維垣等人壓制了，只是賜聖旨慰問他，讓他的一個兒子做官。到了五月，才派遣行人召用他，回到朝廷，重任首輔。皇帝在文華後殿批閱奏章，召見韓爌等人，告訴他們草擬聖旨務求消除不同的意見，開誠佈公，互相團結，希望做到最好。韓爌等人叩頭稱謝，退出來說：「皇上所說的非常好，而機密政務，各臣討論擬旨，不必在外廷明確表示分歧意見。至於我們早晚進入宮中，勢必不能報答賓客。商量政事的人，應該在朝房相見，而禁止在私人府第交談國事。」皇帝立即下詔讓百官遵守執行。
不久，皇帝便命韓爌與李標、錢龍錫主治魏黨，列名二百六十二人，罪分六等，名曰「欽定逆案」，佈告全國，分別予以處置。崇禎帝要韓爌、李標等閣僚擬定懲治「魏黨」名單，韓爌等認為，要犯從嚴，協從不問，不宜誅連太多太廣，況多數人實為魏忠賢淫威所逼，以求自保而為之，遂僅列首逆要犯五十餘人上報，崇禎帝不滿。再次上呈的名單仍然只有幾十人，皇帝還是不滿，後皇帝所想懲治的258人被一一列上，方才滿意。但崇禎帝仍懷疑朝內有黨，疑忌大臣，並安插很多廠衛探子，對朝臣進行暗地監視，搞得朝庭上下，人人自危。這時，韓爌等顧命老臣向皇上上奏：「人臣不可以黨事君，人君亦不可以黨疑臣。總當詳核人品，辨別忠奸，然後舉措得當。若堂上戈矛妄起，宮中橫分畛域，恐非國家之福。」並被崇禎帝採納。
當時，談逆案論的人，都爭相攻擊吏部尚書王永光，其中以南京禮部主事王永吉最為賣力，皇帝很不高興，將要處罰他。韓爌等人說王永吉得不到寬恕，王永光一定不會安寧，於是只剝奪王永吉的俸祿一年。工部尚書張鳳翔報告廠、庫原來的陋****發脾氣，召見廷臣當面詢問責備。巡視科道王都、高賚明二人極力辯白，皇帝命令錦衣官逮捕他們，韓爌、李標、錢龍錫一起營救他們。而這天王永光因為毛羽健上疏彈劾他，請求皇帝追究主使的人。韓爌退朝，再三營救王都等人，並且說王永光不應該請求皇帝追究言官。皇帝不接受，然而毛羽健最終得以倖免，韓爌當時中允持正，保護官員、壓制邪黨，此對當時穩固政權，安撫人心，起到了相當重要作用。
大學士劉鴻訓因為張慶臻敕書的事情被重罰，韓爌上疏營救，皇帝不聽。溫體仁攻擊錢謙益，御史任贊化也上疏攻擊溫體仁，皇帝召見廷臣，溫體仁極力詆毀任贊化和御史毛羽健是錢謙益的死黨。皇帝很憤怒，痛切責備任贊化。韓爌請求寬免任贊化，安撫溫體仁。皇上於是說：「提意見的人不為國擔憂卻培植私黨，自命名為東林，對朝廷事務有什麼補益？」韓爌退回，他的上奏說：「臣子不可以拿結黨拉派來服務皇帝，皇帝也不可以拿結黨拉派來懷疑臣子。只看他才能品性的好壞，是否有職業修養，以此來決定他的升遷或降貶。如果朝廷紛爭，宮府拉幫結派，只會對國家有百害而無一利。」又率領同事極力營救任贊化，皇帝不採納。皇太子降世，韓爌請求將全國拖欠的租賦一概免除，皇帝同意了。
熊廷弼任遼東經略使，當時後金崛起於東北，他到任後招集流亡，整肅軍令，訓練部隊，加強防務，後金不敢進攻。魏忠賢專權時熊被冤殺，傳首各邊鎮，不許廷弼家屬收葬屍體。崇禎即位後，廷弼的兒子給皇帝上書，請歸葬其父，即向崇禎帝說明熊廷弼實由魏忠賢冤殺，並株連其妻和兒女，乃是一件極大冤案，經爌剖白後，崇禎帝才允許熊廷弼的兒子收葬父屍。
當時，遼東戰局危急，朝廷議論裁減各鎮的兵員，又因為兵科給事中劉懋的奏疏，討論裁減驛卒，皇
