崇禎皇帝朱由檢沉吟了半天，終於道，「朕當着你們所有人，也不藏着掖着，大明需要錢，但朕要跟你們說道理，你們的錢，是怎麼來的，你們比朕更清楚，如果朕就這樣硬着奪了你們的命，奪了你們的家產，你們會覺得朕這是過河拆橋，你們聽着，朕給你們一天時日考慮，願意留在大明的中央水師的人，從今日起，一律不追究以往的過失，不願意留下的，朕也絕不勉強，同樣不追究，這是第一條。至於第二條，這些兵勇和奴隸，都交由鄒維璉，你沒有意見吧？」
鄭芝龍是砧板上的魚肉，哪裏有什麼意見？聽見皇帝說不追究，已經很慶幸了，急忙點點頭。
「第三條，這些東西，絕不是你們的私財，這當中，絕大部分是取自大明的百姓頭上，當然，也有從日本人那裏搜刮的，有和洋人貿易獲得的，大明需要錢，你們自願捐款吧，朕給你們一日時間考慮，明日答覆朕，還有第四條，明日朕要給此次所有的有功將士們論功，封爵，這當中，就包括你鄭芝龍，散了吧。」崇禎皇帝朱由檢站起身來，揉了揉眼睛，這十多天，他是一下子都沒有休息過的，畢竟不適應大海上面的漂泊，人疲憊的很。
鄭芝龍以為自己聽錯了，內心一陣歡喜，現在能保命，他已經覺得是萬幸了，至於財富，都已經被你封存了，都到了你的口袋裏面，還說什麼讓我們捐資？只是名聲好聽一些罷了！誰敢從皇帝的口袋裏面再把錢給掏出來？
鄭芝龍底下人眾也是同樣的想法。這都是禿子頭上的虱子，明擺着的事情。
台灣土地肥沃，當時荷蘭東印度公司統治台灣南部，在大員（今台南市）修築熱蘭遮城、普羅民遮城兩城。駐防近兩千人，但大陸移民卻多達數萬。此外本業的貿易商業上，在日本鎖國後。只許中國人和荷蘭人前往貿易，鄭芝龍藉由對日本的貿易。因而更富。
大明的爵位制度取消了子爵和男爵，就只有公侯伯三種爵位，崇禎皇帝朱由檢是打算取消爵位制度的，但是在現今的形勢下，似乎沒有辦法，反而是在想通了這點之後，他第一次有了一份慷慨大氣的胸懷，在第二日。所有鄭芝龍的屬下，包括鄭芝龍本人，在宣佈要將家產都捐給朝廷之後。
崇禎皇帝朱由檢封了鄭芝龍一個侯爵，封了所有原來的鄭家軍二十多名高層將領以伯爵，並將鄭芝龍升任兵部侍郎職銜，和中央軍校海軍分校的校長，放在京師，專門負責海軍軍校的事務。同時，將這二十多個伯爵也全部帶回京師，一舉抽離了鄭家在原來的鄭家軍當中的影響力。鄭芝龍的艦隊，徹底的被中央水師收編。從此大明再無鄭家軍這麼一股勢力，這也是崇禎皇帝朱由檢挖掉的第一股大明地方軍閥。
經此一役。崇禎皇帝朱由檢和大明水師的聲勢大振，普特曼斯只好放棄與劉香勾結，改與大明朝廷修好，轉而表達今後想在台灣、而不是強勢前往福建尋求對華貿易的意願，由大明朝廷派船到台灣進行貿易。
在一位住在熱蘭遮城的同安商人林亨萬居間協調下，崇禎皇帝朱由檢同意和荷蘭人進行貿易往來。但是必須退出台灣，退出所有的大明國土，並建議荷蘭人在占城國和暹羅同大明合作，只有這樣。大明才允許東印度公司的存在，否則就將同荷蘭全面開戰。…
普特曼斯是很清楚崇禎皇帝朱由檢眼下的處境的。但是瘋子一般的皇帝，同時皇帝在信中所表現出的大國威嚴。讓他不得不接受了皇帝的建議，並提出給兩年的緩衝期，崇禎皇帝朱由檢同意。
外交並不是一味的打殺，崇禎皇帝朱由檢暫時還沒有辦法將重心放在對世界海權的爭奪上面去。
於是福建商船開始駛抵台灣。
東印度公司向荷蘭本土提出增兵亞洲說：如果公司想存在下去，必須把大明水師這一根刺從公司腳下拔除。
九死一生的劉香不滿荷蘭人又與鄭芝龍修好，在返回揚州，返回京畿地區的途中，利用月亮被遮住，以部眾六百多人襲擊大員（今台南安平）的荷蘭人城堡熱蘭遮城，並且已經用雲梯爬上了城牆。被荷蘭哨兵發覺，經開槍和炮轟後，劉香率部眾逃散而去。數天後，這支海盜從高雄離開台灣，
崇禎皇帝朱由檢帶着中央水師戰艦群抵達南京的時候，接到了鄒維璉的電文，稱與劉香殘部在金門外洋遭遇，李旦之子李國助倒戈投降明軍
