《秒速五厘米》的故事一共有三個，但又能夠說是只有一個故事。
坐在椅子上，面對着辦公桌的佐佑用左手撐着腦袋，右手不斷在特典上面簽名，聽着電影播放時傳過來的聲音。
現在播放到了哪裏呢？估計是才剛剛開始，那麼應該是到了主人公乘坐列車的場景了吧，佐佑倒是十分喜歡那一幕的鏡頭和背景。
雖然有些疲倦，不過卻依舊對此會心一笑，現在的時光可以說是相當的難得。
這個辦公室裏面只有佐佑一個人，其他人大部分多跑到了放映室去，估計都想要看一看放映室的樣子吧。
不過那種地方應該跟動畫差不多呢，只是設備有着許些不同。
看着眼前的特典，佐佑呼出一口氣，整個人要輕鬆不少，接下來就必須好好的工作了。
外面的電影院正按照預定開始了放映，一切都順利的進行着。
秒速五厘米的故事，就在這裏開始了。
第一話《櫻花抄》——遠野貴樹因為父母調職而轉校來到東京的小學。一年後，篠原明里也轉校來到同一班級。兩人因體弱多病，不擅長運動，而喜歡獨自待在圖書館。雖然年紀還小，可是兩人還是互相吸引，對方在自己心中的存在漸漸變得無法取代。
一開始的這個故事對於觀眾而言，或許具有吸引力的地方不是年紀很小的他們對對方所產生的感情，而是會喜歡上他們採取的行動，喜歡上身處於靜謐圖書館的他們吧。
每個人的想法都會有所不同，但是對於童年，許多人估計都會有所懷念才對。
喜歡上的那個人也好，感興趣的那個同學也罷，都是無法取代的回憶，所以秒速五厘米用色彩、圖畫以及對白的方式將其體現了出來。
曾經熱愛的東西。現在討厭的事物，不變的童年在人長大之後發生了巨大的改變，正如故事中的他們一樣。
他們兩人親密的世界因明里再度轉校而悲哀地告終。之後，貴樹一直努力地適應沒有明里的世界。但在中學一年級的夏天，貴樹收到明里寫給他的信時，感情一下子再度湧現。他們開始通信，並再次得到能夠互相傳達心意的幸福。
那年冬天，貴樹要轉校去一個遙遠的地方。比現在分開得更遠，可能再也不能見面。於是兩人在信中約定了再見面的時間。
這個約定便成為了第一話《櫻花抄》的故事中心，為了完成約定的遠野貴樹乘坐列車去往明里所在地方。
寒冬飄落的雪。列車上看着倒退景物的貴樹，車站中靜待於火便的明里，冬天的寒冷依舊無法阻隔兩個人的思念。
青澀而又苦澀的故事就這麼徐徐展開，冬天的季節，冬天的分別即將來臨。
第二話《宇航員》——中學二年級的第一天，澄田花苗看到從東京轉校過來的遠野貴樹時，就已經喜歡上他。無論上課時還是放學後，甚至帶狗在海邊散步時，花苗都會在視線的一角尋找他的身影。
這也是所有人青春中的一幕吧。即便是獨自一人，也不往搜尋那個人的身影，害怕自己的世界裏面再也沒有那個人了。
可是沒有悲傷和苦澀的青春就不算是青春，仿佛應驗了這句話一樣。兩個人之間的關係在潛移默化之中慢慢改變了。
在佐佑看來，第二話中的女主角澄田花苗固然堅強，但卻缺少抓住貴樹衣角的勇氣，這也是後面故事發生的誘因吧。她找到了屬於自己的勇氣。
為了和貴樹在同一所高中而拼命溫習，雖然合格了但還是沒有向他告白的勇氣，一直都暗戀着貴樹。1999年。高中三年級的夏天，不但受姐姐影響而在高中開始的滑浪陷入了低潮，而且也決定不了畢業後的出路。
雖然花苗對貴樹的思念愈來愈強烈，但只是為了裝作偶然遇上而一起回家。在高中生活只剩下半年時，感到焦急的花苗做了一個決定：能夠在滑浪時再次站起來的那天，就向貴樹表白。
然而，花苗開始努力，開始尋找到屬於自己的勇氣。
第三話《秒速五厘米》——整個故事的中心以及結尾。
2007年的東京，遠野貴樹在從事系統工程師的工作，過着忙碌的日子。出來社會工
第二百六十七章 秒速五厘米的世界（中）
