此後一連數天，後金軍都不停地派漢軍旗的士卒攻城。但每次投入的兵力都不大，而且陣形極其稀疏，連個楯車都不給用。
明軍用紅夷大炮轟過幾次，一是精度欠佳，二也因為彈藥稀缺，便捨不得再使用，只等敵軍攻得再近些，再用佛郎機炮開火。
佛郎機炮的射程正好在護城河附近。後金軍為了填平護城河，一到這個地方，速度必然有所遲滯，便成為了佛郎機炮極好的目標。幾天下來，護城河附近伏屍累累，竟有二千多名漢奸被轟斃於此。
但努爾哈赤根本不考慮漢軍旗的傷亡情況，仍是嚴令催促，趕着這些士卒不斷地湧向戰場。但有一絲猶豫，立即斬首示眾。因此在付出慘重代價後，護城河終於基本上被後金軍填平了。
跨過護城河，努爾哈赤似乎仍不怎麼着急，每日只是不停地派漢軍旗前來騷擾，什么正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗，如同走馬燈般輪番登場，直至深夜才罷。
每次沖至快到城邊，後金軍便對城頭玩命地射箭，把箭射完，扭身邊走。雖然從下向上仰射很是吃虧，但後金軍勝在人多，還是給守城的明軍造成了一定的傷亡。
尤其是剛來寧遠的孫元化，也不小心在右胸上中了一箭。這一箭深可及骨，雖僥倖未傷到內臟，可創口也非常難以處理。明軍的醫療條件幾乎等於零，只是簡單地包紮了一下。結果第二天，孫元化的傷口就開始發炎，人也發起了高燒。
朱由檢心疼得要命，心想在這個時代，像孫元化這樣精通炮技的人才，其作用就等同於共和國搞「兩彈一星」的專家，一個人就能頂數萬部隊！守住寧遠的希望，可是在很大程度上取決於火炮威力能否發揮。孫元化要是有個三長兩短，那寧遠也就沒什麼戲了！
可惜這個時代也沒有消炎藥，朱由檢只得不顧孫元化的苦苦相求，嚴令他下城休息。至於他能不能自己把炎症扛過去，那就只能看天意了。
明軍的騎兵也曾嘗試向外反衝鋒。但只要往外一衝，後金的步軍立即玩命地往後敗退，絕不和明軍正面交鋒。而女真的精銳騎兵則一直蟄伏在大營內，如同在黑暗中隱身的猛獸。如此一來，雖然後金軍一時攻不下寧遠，但明軍也被搞得疲憊不堪，根本無力衝破後金的包圍圈。
但真正讓朱由檢等人憂心的，則是軍糧問題。滿桂和趙率教的援軍入城後，後金軍果然重新對寧遠四面合圍，外面的糧食想運進來那是不可能了。而且覺華島被付之一炬，山海關又遠在數百里之外，即使能運糧，又從哪裏來運？
城中的存糧本來就不多，援軍一到，又多了一萬張嘴。為着做好長期堅守的打算，袁崇煥下令軍中口糧減半，非戰鬥人員則減為一日一餐，並且以身作則，自己每天只吃一碗稀得能照鏡子的米湯。幾天下來，竟瘦了好幾圈，眼窩深陷，雙腿卻浮腫起來。
可就在糧食如此匱乏的情況下，前日夜間，已經加派專人看管的糧庫竟莫名其妙地着了一場大火。大火雖被撲滅，可那點本來就支撐不了幾天的糧食，終於徹底報銷了。
這場大火起得十分蹊蹺，袁崇煥痛心疾首之餘，正要嚴厲處置相關責任人員，手下卻來回稟，看守庫房的十餘名士卒全被人殺死了！
朱由檢苦笑道：「袁大人，我看這場大火既不像是天災，也不像是疏忽，倒似是有人故意縱火。不然為何殺死庫兵？」
袁崇煥擰着雙眉思索了一陣，突然恍然大悟道：「我說這幾天韃子怎麼不像以前那樣急着攻城，原來他們是知道城中缺糧，想把我們活活餓死！城中必有內奸給韃子通風報信，這把火多半是他們放的！來呀，給本官全城搜查！」
這一查不要緊，果然搜出幾十個後金的密探來。這些人都是漢人，借着平民的身份做掩護，秘密在寧遠從事間諜活動。明軍從他們的家中抄出弓箭和馬刀等物，皆是女真人打造的式樣，因此對他們的身份確認無疑。
袁崇煥大為後悔，若能早點想到間諜的問題，糧庫也不會被一把大火燒個精光了。
朱由檢也咬牙切齒地道：「想餓死咱們，沒那麼容易！先打發這些漢奸上路！」
於是，當着全城軍民的面，這幾十個後金間諜被一齊斬首。行刑之後，百姓們一擁而上，你爭我搶地撕扯屍體。一方面他們是恨極了這些漢
