軍戶制的改革包括「軍」和「戶」兩個方面，緱明顯和李守義按照朱由檢的吩咐，先從比較容易的「軍」入手。◎頂點小說，現在洛陽城中有八千俘虜，這些俘虜絕大多數都是河南各衛所的官軍。二人首先把原屬於把汝州衛的挑出來，計有五千多人，比照五軍都督府的存檔，核實軍戶的身份和軍田情況。當然緱明顯正在養傷，這些瑣碎的工作只好全由李守義這個指揮使去做。
不出所料的是，汝州衛的軍田兼併、軍戶缺額、吃空餉等情形同樣非常嚴重，多年以來，至少有一半土地被各級軍官巧取豪奪。軍田的兼併與民田又有不同，民田是直接交割地契，軍田則是有一塊歸軍隊整體支配的「公田」，軍官們常常巧立名目，把公田的收穫據為己有，同時還一文錢不花地役使士卒為自己耕種。進行土地兼併時，往往以「公田」兼併「私田」，看起來較為隱蔽，實際兼併程度比民田尤甚。
與此同時，朱由檢借調給第一師一百名錦衣衛，對這五千多名士卒進行分別審訊。審訊時言明：皇恩浩蕩，不會因為他們曾經為朱常洵效力，就全部定成死罪。只要沒有其他惡行，還可繼續做官軍，朝廷既往不咎。但是，他們必須自首或互相揭發惡行，比如殺人、奸銀、強搶民財等重罪。並且告訴他們，坦白從寬，罪減一等；揭發有功，核實有賞。
這五千多人本來以為必死無疑，現在又看到了生的希望，猶如溺水的人摟到了一根稻草，當然不肯放過。現在他們也顧不上袒護別人了，為了保住自己的性命，紛紛揭發其他人的罪行。當然，這些罪行主要集中在百戶、千戶、守備、游擊等軍官身上，至於普通士卒，欺壓百姓的事確實沒少干，但身犯重罪的，在五千多人中畢竟還是少數。
錦衣衛的審訊也很嚴密，如果只有一人揭發了別人的某項罪行，一般並不採信，只有三人同時揭發同一項罪行的才重點關注。整理完筆錄後，有條件的還會去找受害人核實，沒條件核實的只好「疑罪從有」。
接下來錦衣衛把所有身犯重罪的軍官和士卒，人數約有二百多，暫時拘押在洛陽府衙牢房。這些人都是軍人，按照《大明律》，地方官員是無權審理軍人的，在這裏不過是暫時收監。待叛亂徹底平定以後，再移交五軍都督府，由五軍都督府奏請皇帝，皇帝委派官員專審。
對這二百多人，朱由檢下旨直接剝奪了他們的軍人身份，家屬也不再是軍戶，而是強行轉為民戶。除了留給每戶十畝耕地以外，多餘的耕地一律充公。軍戶代代沿襲，這些人的家族在洛陽一帶經營百年，世代做武官，就屬他們撈得最凶。像兩名正四品游擊，實際控制的田產均不下萬畝，如今幾乎全部轉為公田。
儘管如此，這些有罪軍官的家屬還是感到慶幸，因為如果皇帝以「謀逆」給這些人定罪的話，那可是要全家陪葬的，男子全得掉腦袋，女眷則會被打入賤籍，成為生不如死的官奴。現在皇帝還給每戶留了十畝地，說明並不是要趕盡殺絕。而且只要不是以謀逆論處，人就還有一線生機，所以家家戶戶心懷感激。至于田產被罰沒，那都是身外之物，沒了也就沒了吧。
除了這些低級軍官以外，錦衣衛還對仍然在逃的原汝州衛高級將領，包括一名副總兵和三名參將進行了「缺席審判」，處罰方式與其他有罪軍官一樣，只是罰沒家產，並不株連家人。因此在得到了實惠的同時，朱由檢在河南民間的聲譽一時鵲起，人人都爭相傳頌他是一位有道仁君。
處理完這些有罪軍官，接下來就要正式組建部隊了。李守義按照計劃向那五千多名降卒宣佈：朝廷給他們兩個選擇，一是繼續做軍戶，留在軍中效力；二是解甲歸田，轉為民戶。如果轉為民戶的話，朝廷將酌情從公田裏劃出一部分，分配給那些因兼併而土地過少的家庭，確保他們可以自己養活自己。當然，從此以後就要承擔各種賦役。
如果選擇繼續做軍戶，那也與過去的軍戶不同。李守義明確地告訴眾士卒，這支新組建的第一師以後肯定不會在洛陽駐防。即使沒有戰爭，也別想守家在地，像過去那樣點個卯就回家是絕對不可能了。
但這還不是最主要的，新軍戶制的最大特點，就是軍戶不再世襲。具體規定為：一名士卒只要服役，那麼不管他是現役還是退役，家庭都享受軍戶待遇，免繳賦役，直至終老。如果該名士卒為國
