會談結束後，朱由檢請二位使節以傳教士的身份訪問京師，這兩人暫時不用回國了。雖然歐洲的邦交國又增加了兩個，但短期內對大明卻沒什麼幫助：中國和歐洲離得太遠，書信往來都要好幾個月，等兩國統治者同意向大明貸款，已經是半年以後的事了。
送走了使節，朱由檢立即密詔戚顯宗和李允浩覲見。再加上曾與白蓮教水軍作戰的黃得功與翁玉，君臣幾人重點討論的就是如何應對鄭芝龍。
戚顯宗對鄭芝龍可謂恨之入骨，直截了當地道：「陛下，如今鄭芝龍雖未明確宣佈反叛，但已與反叛無異。朝廷與其等着他承認，不如主動進剿，趁朱由崧等逆黨在台灣立足未穩，將其一舉剪滅。否則，大海茫茫不比陸地，一旦逆賊向南洋等地逃竄，朝廷就很難再抓到他了。」
朱由檢也點點頭道：「國丈所見極是。朕所慮者還有一點，那就是台灣現在是三分天下，鄭芝龍、荷蘭、西班牙三種勢力犬牙交錯。一旦朱由崧和那個白蓮教主與外敵串通，以出賣國家利益換取荷蘭或西班牙的支持，那麻煩就更大了。」
「打！堅決打他個狗日的！」黃得功剛興奮地說了一句，突然想起來這可是君前奏對，類似這樣的髒話可是「大不敬」，再說朱由崧好歹也是皇族，嚇得一縮脖子，趕緊向朱由檢請罪。
朱由檢卻把桌子一拍，憤然道：「這裏並非朝堂之上，你們都是武將，就是要有血性、有脾氣，用不着文縐縐的。朱由崧、雲子建、鄭芝龍，沒有一個是好東西，打他個狗日的怎麼了？」
除了黃得功之外，眾人皆是面面相覷，心想皇帝和黃得功倒是真對脾氣。
接下來李允浩和翁玉也表態，希望儘快對鄭芝龍開戰。因為這只能是海戰，而大明現在懂海戰的將領，除了鄭森滯留於真臘、黃龍駐守皮島以外，已經全在這裏了，所以朱由檢也用不着爭求其他人的意見了。他略加思索便道：「既然大家都求戰心切，朕也早想剷除鄭芝龍了，那就準備馬上打吧！」
既然要打，所謂「知己知彼，百戰不殆」，雙方的實力對比必須得摸清楚。官軍這方面，地方衛所的戰船可以忽略不計，因為他們的戰鬥力實在太差了，真要打起來反而是累贅。真正能用的，只有北海艦隊和皮島水師了。
北海艦隊現有大小船隻數十艘，但可以遠洋作戰的只有二十多艘。其中，旗艦、也是排水量最大、戰鬥力最強的安娜公主號，現在真臘震懾着安南阮氏軍隊，一旦張煌言和鄭森離開磅遜，真臘恐怕立刻就要亡國。
剩下的戰艦中，排水量最大的為定遠號戰列艦，五百噸，配備主副炮二門，側舷炮四十八門；其次是這次進長江水戰的旗艦威海號護衛艦，二百噸，配備主副炮二門，側舷炮十二門。接下來就是四艘新入役的「威海」級護衛艦，分別名為山海關號、天津號、寧遠號和青島號，均為一百二十噸，同樣配備主副炮二門，側舷炮十二門。
再後面就是參加了鄱陽湖水戰的十九艘小型炮艦，這些戰艦都是原登州水師的戰船改造的，有的有主炮，有的沒有，側舷炮也只有八門或六門。經過激烈的鄱陽湖大戰，這些炮艦有三分之一不同程度受損，必須返回船塢大修，現在能立即參戰的炮艦隻剩十二艘。
至於皮島水師，除了旗艦「皮島號」是二百噸外，其他的戰艦都很小，更重要的是艦炮比北海艦隊的戰艦少得多。君臣幾人經過商討，認為皮島水師不具備南下作戰的條件。除了戰艦本身的條件局限外，震懾滿清和朝鮮也是皮島水師的重要任務。比如現在八旗軍直接攻打山海關，皮島水師就可以移至山海關外對其進行炮擊。更何況韃子現在也有尚可喜、耿仲明、孔有德三個漢奸組成的水師，雖然戰鬥力不強，亦不可不防。
所以，現在北海艦隊能夠出動的全部戰艦，一共也就是戰列艦一艘、護衛艦五艘、小型炮艦十二艘，合計十八艘。
而鄭芝龍的海盜勢力，從去年開始，朱由檢就很注意收集這方面的情報。現已基本查明，鄭芝龍的旗艦「寶船」是八千料的龐然大物，折成排水量約為一千七八百噸，在這個時代，對任何國家的海軍來說，都是巨無霸級別。
而鄭芝龍的艦隊規模亦十分龐大，據說在千艘以上。不過，這些船大部分都是武裝商船，平時主要用來走私貨物，上面有的配備了火
