在那一戰過後，碇真嗣對NERV總部出現了明顯抗拒心理。
還有本來和父親碇源堂因為上次一同去祭拜母親墳墓，而有所緩和的關係，如今也立刻急轉直下。
然而觀眾們這次卻都表示，相當理解碇真嗣的行為——
「司令是真的太不當人了，雖然我理解他是為了減少不必要的損失，但是不至於這麼逼碇真嗣吧？」
「這就相當於我爹在我面前逼迫我打我的朋友，最後因為我不願意，他在我看着的情況下打得我朋友重傷了。」
「我是忍不住真的，雖然能理解一些，但是真的沒必要做得那麼絕。」
「究竟誰是反派啊？這碇源堂不妥妥的反派行為？」
「經典正反派不分環節，不過這麼下去，碇源堂說不定最後還真成了真正的大反派。」
「青山老賊作品中難得一見的父慈子孝環節。」
「誰說難得一見，電次的爸和電次不就是父慈子孝咯（）」
「碇源堂真的有些受不了了，作為主角的爹，要是主角是害死了他母親的兇手，我都能理解一下。但是現在明顯不是這樣」
「有沒有一種可能，碇源堂純粹是謝特！」
「有可能」
總之，在這件事情之後，碇真嗣對碇源堂失望了，在交談一番後，還是選擇了離開了NERV總部。
然而沒過多久，新的使徒出現，繼續向NERV總部所在的地下城攻擊。
這次來襲的是第十四使徒——力天使。
它的手臂是鋒利並且伸縮自如的帶狀物質，由它所射出的光線，穿透18層裝甲只需一擊。
所以在面對力天使的時候，明日香駕駛的二號機直接撕裂掉了二號機的左右手臂。
明日香卻還是不服輸，然後就算失去了雙手手臂，一樣悍不畏死一般沖向了力天使。
「可惡的傢伙！！！」
「明日香！」
在NERV總部的美里神色慌張了起來。
然後她當機立斷！
「切斷所有神經連接！快！」
然而下一刻，還不知道是否切斷了神經連接，就見到
二號機的腦袋立刻飛了起來！
二號機被斷頭了！
而且還不知道神經連接是否斷開了，要是沒有斷開
那明日香也會感覺到了斷頭的痛苦！
這樣巨大的痛苦，嚴重點甚至可能引發休克和腦死亡！
然後原本在避難所的碇真嗣就看到了
已經斷了雙臂和腦袋的二號機砸破了他所在的第六避難所！
「放棄第六避難所，將所有避難者轉移到第三避難所！」
廣播裏的指揮人員立刻指示道。
但是幸運的是，明日香還活着。
所幸斷開神經連接及時，她並沒有受到致命傷。
但她也是很懊惱，對自己無法擊敗使徒很是無力。
然後NERV總部想要使用上次成功操縱了初號機的傀儡系統，繼續操縱初號機出戰。
然而
「脈衝消失！傀儡插入栓被拒絕！」
「不行！EVA初號機無法啟動！」
仿佛初號機就只認碇真嗣了一樣，上次傀儡系統能生效還是因為初號機里的駕駛員是碇真嗣。
可這不由得讓人好奇，為什麼初號機就是只認碇真嗣這一位駕駛員呢？
但是力天使的來襲，讓碇源堂這邊沒有辦法，他甚至親自過去命令再度測試傀儡系統。
然後綾波麗則是駕駛零號機去抵抗力天使。
但是她同樣不是力天使的對手，依舊是慘敗。
而碇真嗣這邊看着破壞着城市的力天使，看着和力天使交戰的綾波麗和零號機。
他這個時候遇到了加持良治。
最後在加持良治的勸說下，他決定重返NERV總部，駕駛初號機迎戰！
然而在他駕駛初號機迎戰，卻還是不敵！
甚至電量也再次消耗完了。
