清瓜州水營統領是滿州正紅旗都統多弼，其父武爾吉乃是正紅旗第二佐領的首任牛錄章京，明崇禎朝大將趙率教便是其在遵化時一箭射殺的。
江上炮聲響起後，多弼就知道明軍定是在攻打北新洲炮台。北新洲上雖有四千守軍，但多弼不知道明軍竟然來了多少人馬，萬一北新洲炮台丟失，那麼瓜州水營就暴露在明軍炮火射程之下，弄得不好，瓜洲水營一條船也別想出港。局面真成那樣，多弼不敢想像皇帝會如何處置自己，為此立即點了漢軍和綠營，督促水營馬上出港增援北新洲，無論如何也不能讓明軍佔了這江上要點。
發現清軍水營出港後，張煌言立即號令水師上下調頭迎上，雙方就在距離北新洲北側江面不到兩里處展開了激戰。
北新州上，登島的太平軍第一鎮兩個旅在副將朱慶來的指揮下奮勇衝殺，數十人手持巨木，喊着號子沖開了炮台左側的清軍營地大門。太平軍一擁而上，北新州的清軍副將楊廣孝率親兵負隅頑抗，島上的泥濘地上到處都是廝殺的人群。戰至最後，楊廣孝見援軍突破不了明軍水師，便棄軍而走，藏匿在島上一隱秘處，後被搜島明軍發現，押至北固山上向大帥報捷。
見到傳說中的賊秀才後，楊廣孝竟是「撲通」跪地請降，周士相卻將手一揮，命親衛將此人擲於山下摔死。隨後頒令，此後清軍不戰而降者，用之；戰而不敵而降者，概不納。
張煌言指揮水師牢牢阻住多弼部，明軍水師雖水手強於清軍，但清軍船隻卻多，雙方打成了平手，死傷都很慘重。後多弼發現島上清軍已潰，明軍已經使用島上火炮轟擊他的船隊後，不得已只得下令後撤。
水師此仗，明軍損失海船3艘，民船41艘，士兵1256人；清軍損失大小戰船57艘，士兵1640餘人。北新島上登陸的太平軍第一鎮陣亡780餘人，清軍傷亡1000餘，余者盡降。
原計劃奪取北新洲後，明軍將繼續攻擊北岸的瓜州水營，以徹底拔除這顆毒瘤，使江北清軍無法過江。但因水師損失過大，將士疲勞，張煌言便令撤軍。北新州由第一鎮兩旅和鄭軍一部，計5800兵合守，副將朱慶來親自坐鎮
就在北新洲島上和附近江面上明清雙方廝殺之時，余新和魏大龍帶着700多士兵乘30多條船隻沖向了清軍的木浮營。木浮營是捆綁巨木而成的浮壩，壩面以土填平，可容納士兵五百人，火炮四十門，四角為尖頂，船隻遇之立碎，滿洲人稱之為「木城」。
魏大龍先帶人潛入水中，悄悄觀察了木浮營的結構後回到船上。
余新不待魏大龍喘口氣，就急切的問他：「如何？魏兄弟！」
「是繩索，比滾江龍的鐵鏈容易多了！」
魏大龍呼了口氣，搓了搓冰凍的雙手。雙手通紅，臉上更是通紅，卻不是因為凍的，而是因為興奮。
「那就干他們！」
余新親領四艘沙船，對着木浮營直衝，清兵發現，立即開炮，四條船隨即後退到射程之外，然後掉轉船頭，復又向前沖，清軍再開炮，有一條船中炮，剩下三條船退回，掉轉頭再沖，清軍不再上當，雙方於是對峙。
午時，下遊方向聽不到炮響，余新估計張尚書和甘輝已完成任務，便命令所有船隻一齊向前。清軍見狀，再次開炮，余新下令還擊，幾十條船火力全開，聲勢也很驚人。
「砰！砰！」數聲，木浮營被擊中，木片土石齊飛，清軍卻無懼意，這木城構造堅固，就是再轟上一天都無事。不想，一幕讓清兵駭破膽的事情發生了，原本厚實無比的木城結構竟然開始解體，不斷的隨江水飄流。
「城散了，快逃！」
木浮營上的清兵趕緊放下小船向北岸撤去。原來余新引誘清軍耗費炮彈的同時，魏大龍等人潛水割斷了清軍木浮營繩索。再用炮那麼一轟，這木浮營自然解體。木城一旦解體，上面的清軍再多，火炮再猛，也是無濟於事的。
余新和魏大龍順利完成摧毀清軍木浮營的任務，但是付出的代價也不算小，30多條船隻剩13艘，700多兵丁也只剩下400多人。
清軍水師退入瓜州水營後，船上、岸上的炮台胡亂向着江面炮擊。聽着聲勢很大，然而全是無用功，浪費炮子而矣。
