要想動員一切人力物力，勢必就要打擊禁固中國數千年的宗族勢力，而宗族勢力的幕後又是地主士紳階層，打擊這些人，哪怕出台了種種有利於農民的政策，卻得不到農民擁護，這不得不說是周士相的一個極大失誤，也是他性格的最大弱點，凡事都操之過急了。??
周士相總想在有生之年把事情都辦好，結果卻是很多時候沒有考慮到時代特徵和現實。有句話說的好，理論要和實際結合才有效，脫離了實際的理論，構思再好，都是惡政。
農民不識字，識字的又是太平軍的天然對立面，在無法以自身培養出的官吏全部取代舊士紳，並且扶植屬於太平軍的新軍功階層前，引導新佔領區百姓成為其中一分子，並且享受好處，成為新的統治階級前，一昧強制推行相較時代而言很「激進」的政策，必然會引南橘北枳的後果。
讀書人好殺，一個金聖歎看着算不了什麼，幾個探花榜眼也沒什麼大不了，一大堆進士、舉人老爺的帽子更不被周士相放在眼裏，可江南的百姓卻看重，卻將他們當回事！
百姓不識字，想要改變命運，就拼命供養子弟讀書，好讓他們成為讀書人一員，成為士紳一員，成為家鄉宗族力量一員。這，上千年來都是農民改變命運的唯一途徑，也是人人羨慕，人人稱頌的好事；但，太平軍一到，那些人人羨慕，人人敬仰的對象卻一個個進了大獄，可以庇護自己的宗族也被摧毀，這顯然，讓人心亂了。
太平軍能夠在廣東、廣西甚至江西等建立有效統治，成功的前提是因為那些省份的人口大量死於戰亂和清軍屠殺。僅廣東一省而言，全省不過百餘萬人口。這百餘萬人口又分散在那麼多府縣，有的一縣之地不過幾千人。人口少，土地多，太平軍本身很多軍官和士兵又是廣東本省人，士兵家眷也多，將他們安置在各地和當地人結合，自然能夠有效的建村設鄉，成立基層政權。
江南卻不同，人口數百萬之眾，甚至於有近千萬之眾，而參加太平軍的新兵卻不足萬人，涉及到的家庭數量只有幾千戶。顯然，這點和太平軍搭上關係的家族無法改變根深蒂固的舊勢力對地方的影響。那些被當地人視為外人的鄉長、村長們也得不百姓擁護，哪怕他們是在為當地人謀利，可在大量讀書人對定武朝廷，對周士相和太平軍不滿的前提下，官府出行的有利於百姓的政策和榜文在讀書人的解讀下都成了苛政。
不相信「外人」，只相信家鄉人，只相信讀書人的江南百姓哪怕迫於壓力服從了太平軍委任的官吏，參加了當地的保安隊伍，可真當有事生時，所有的一切就變得十分脆弱。
松江等地的基層力量在暴民起事面前不堪一擊，甚至都沒有半點反應，就是這個後果的典型表現。很多村莊，當教民殺過來時，百姓們不是想到團結在鄉村長身邊反抗，而是一跑了之。一些地方甚至現了百姓不去尋求官府，也不去尋找當地保安小隊，而是去找那些被打擊過的士紳和宗族力量，結果這些宗族力量和士紳卻帶着他們一起造反。
歷朝歷代，宗族本身就是漢人自保的一個強有力，也十分有效的手段。只要宗族在，漢人可以馬上組織起類似團練一般性質的武裝力量，或自保，或爭天下。歷朝歷代，以宗族起家的梟雄有很多。可以說，宗族的存在是一把兩刃劍，一方面它能給予漢人自保反擊的力量，另一方面卻牢牢把控了鄉村，使得皇權無法下鄉，中央朝廷無法動員鄉村的人力和物力。
周士相搞建村設鄉，自是想動員漢人的所有力量反清，恢復華夏江山。可是他卻沒考慮到江南的實際情況，這就使得江南各府出現了一個致命的真空，一個不可饒恕的錯誤。這個錯誤導致江南之地在這次動亂中人口銳減了十二萬。
受災最嚴重的就是松江，有四十多處村莊被屠戮一空，男女老少皆被殺害，沒有一個活口。可笑的是，當動亂消息傳來時，松江知府蔣文喚竟然為了安撫教民，不許下面的一些已經行動起來的鄉村保安隊聯合起來反擊，而是要求城外的士紳和教寺代表來官府起誓，誓不參與造反。可第二天，城外的教寺就動起手來，殺害了官民男婦三千餘人。
華亭有個鄉，一天上午就被殺了五千多人，緊接着教民進攻縣城。城中百姓在官府的組織下進行了頑強抵抗。一個在六房辦差的教民在接到教
