碇源堂和碇真嗣父子最後走不同的道路，碇源堂不斷人類補完，碇真嗣不斷重啟。之所以父子做了不同的選擇，主要還是因為碇源堂的目標是自己內心限定的小愛，只能在內心尋找幸福。
而碇真嗣的目標是大家幸福，這就不是說自己心裏認為就夠了。碇真嗣吃飽了，不能就認為別人也吃飽了，碇真嗣幸福了，不能就認為別人也幸福了，他無法依靠自己一個人完成目標。
因為目標不同，所以父子走了兩條不一樣的路。渚薰為什麼阻止近第三次衝擊？就是知道碇真嗣不會滿足於自己和綾波麗過小日子的，他肯定會自責。
如果碇真嗣滿足過小日子的話，tv版和舊劇場版里兩次的補完，一次補完了自己，一次就剩下自己和明日香，但他都沒有接受，而是選擇了重啟。所以就算碇真嗣從力天使里救出綾波麗，但如果真的發生第三次衝擊，那麼他肯定不會幸福。所以渚薰阻止了初號機，因為他要幫碇真嗣打出完美結局。
不過近第三次攻擊之後，大地也全變紅了，已經不適合人類生存，只有葛城美里等人使用淨化儀器才能讓小範圍的土地恢復清潔。更可憐的是碇真嗣還成為了背鍋俠，他怎麼知道救綾波麗會導致衝擊？他根本不知道，更不要說最後還沒救出他熟悉的綾波麗。
對碇真嗣來說完美的結局並不是自己的幸福，而是大家的幸福。但這種結局太難了，最後他也只能選擇了妥協，他無法把世界變成百分之一百符合自己的心意，那自己也只能退而求其次，改變自己。不去追求每個人的幸福結局，而是刪除使徒就好了，剩下的就順其自然。
刪掉了使徒，那麼世界也就變得平凡了，大家或許都能在平凡的世界中找到幸福。碇真嗣也不是救世主了，不會把自己的內心強加於社會之上，他不會成為父親那樣的大人。
其實杜蘭覺得沒有使徒的世界並不好，還是打使徒有意思。
「好了，就這麼決定了，以後你和碇唯每年七夕可以見一面，其他的時間你就以普通人的身份活下去吧，別再整么蛾子了，要是你再搞陰謀詭計，那你每搞一次陰謀，見面時間就縮短十二小時，沒有什麼好再商量的了。」杜蘭表示就是這樣決定。
碇源堂心裏不高興，但也不敢違抗，因為杜蘭給他的感覺太神秘了，太過無所不能。所以他最後只能說道：「你還說我唯心，我看你才是最唯心的那個，才是最不可理喻的那個。你比惡魔還要邪惡，還要捉弄人。」
「多謝誇獎。」杜蘭說道：「不過不是我喜歡作弄人，而是你太不善於改變了。世界上不是所有事情都會按照你的計劃運行的，不能說每次遇到不隨自己心意改變的東西就是邪惡，就是捉弄。人生在世不如意事常八九，你還是經歷了太少。這點你要好好向你兒子學習。」
要是沒有杜蘭，碇真嗣會先失去母親，再失去好基友，再失去美少女，最後失去大姐姐，每次都是剛剛得到就立刻失去，而且剛剛想要打起精神做個救世主，就因為作戰的不科學，以及使徒的神奇能力，被按在地上摩擦，總是經歷險象環生。
碇真嗣各種鬧彆扭、鬧情緒，都無法讓事情朝着自己希望的方向發展，最後更是直接補完，只留下他一臉懵逼。打敗使徒不是拯救人類麼？怎麼拯救了人類之後，就是對神經元的大清洗，怎麼就是邪惡的補完儀式？他是一臉懵逼，根本不知道為什麼會這樣。
谷通過一次次碰壁，最後碇真嗣終於認識到了自己和客觀世界碰撞的話，自己改變不了客觀世界，還是妥協好了。
碇源堂卻依靠陰謀詭計控制了神經元，而且一步步地奪取了人類補完計劃的主導權。其實對於碇源堂到底是如何成為神經元司令的，並沒有太多的介紹，很有可能是碇唯家族的勢力幫忙，或者是碇唯自己建立的勢力在幫忙。
劇情里只是介紹了碇源堂在大學時候和碇唯談戀愛，然後加入seele，之後就是成為了司令。成為司令之後他又是通過美男計控制了赤木母女，之後又通過多面間諜加持良治得到了鑰匙。然後通過對綾波麗的培養，試圖建立補完的通道。最後就是利用兒子駕駛初號機，希望初號機能發揮全部實力消滅所有的使徒。這就是他的佈局。
當然過程中司令還有破局，主要就
第兩千八百二十一章鬥爭
