末日來了，不打招呼。人類面對這種突如其來的情況，並沒有任何的預案，就算是神經元也沒意識到末日會是以寒冬的形式降臨。凜冬將至，萬物皆亡，甚至連eva都要被凍結了，寒冷真的是萬物的大敵。
情況很是糟糕，不過當神經元的人來到學校之後，卻發現學校並沒有多少問題，有足夠的食物，也有能源保持溫度。一群大人都被寒冷打敗了，但幾個孩子卻能繼續用科技獲得資源，真的是不可思議。
果然還是因為杜蘭麼？大家心裏想着。
當大人到來，少年們顯然不是很歡迎。因為在他們看來是大人們背叛了世界，才導致了末日。大人們則是認為正因杜蘭帶着學生搗亂才導致了變化，特別是第一次衝擊光線這種不應該存在的力量才是最大的錯誤，導致了世界不可逆轉的坍塌。
雖然沒有證據，但作為人他們本能地把責任推給對方，而不是承認世界毀滅與自己的行為有關係。反正就算承認，也要說雪崩之下沒有一片雪花是無辜的，自己有錯別人更有錯，反正不是自己一個人的錯，要錯大家一起錯。
所以雙方僵持不下，都不為末日負責。
碇源堂站在所有人的面前，看着杜蘭說道：「一切都如你所願。」
「瞧你這話說的，之前在我的教導下，eva駕駛員接連打敗了使徒，你們可不是這幅嘴臉。怎麼現在世界不斷降溫，眼看沒希望了，你們就覺得是我和駕駛員的錯了？還真是放下碗就罵娘，卸磨殺驢，過河拆橋，你們的良心不會痛麼？」杜蘭表示大家看看，神經元果然是要出賣駕駛員了，果然是要讓駕駛員背鍋了。
碇真嗣也很失望，沒想到自己的父親如此沒有擔當。其實碇真嗣比父親強多了，畢竟碇真嗣趕鴨子上架拯救了世界，而他的父親碇源堂只知道為了愛人而算計世界，只是為了自己。
「如果不是你的加入，一切都會很順利。」碇源堂現在也是無能狂怒，畢竟自己的計劃完蛋了，他再也不可能見到愛人了，必須把這股無明火發泄出去，杜蘭就是最好的目標。
一旁的渚薰知道杜蘭確實是個意外，之前的輪迴並沒有見過杜蘭，不過在此見到碇真嗣還是很高興的。渚薰本來也是為了爭奪融合的主導權，但被碇真嗣的真誠感動，後來就一直在幫碇真嗣。雖然總是幫一半就被殺死了，不過死亡也是幫助，至少給碇真嗣減少了一個競爭對手。所以死也是一種幫助，渚薰如果不早點死，最後就是他和碇真嗣進行競爭了，兩個好基友肯定會很傷心難過。
不過渚薰的死每次都對碇真嗣造成了巨大的打擊，因為渚薰是碇真嗣失去各種朋友之後的支柱。是綾波麗犧牲，明日香被污染，鈴原東治受傷等等事件之後的支柱。這感覺就好像碇真嗣是天煞孤星一樣，每次他交了朋友，建立了友誼，最後卻會被剝奪。後來和渚薰交好的後果更嚴重，導致自己必須親手殺死渚薰，或者是親眼看着渚薰死，反正就沒有一個人能陪伴他到最後。
劇場版里不同的就是多了一個真希波陪伴碇真嗣到了最後，所以碇真嗣最後選擇了美好的重啟，一個沒有使徒，沒有eva的新世界。
真希波看起來是少女，但內心卻是阿姨。哪個少年人能阻止溫柔可愛又會關心人、同時成熟穩重的真希波呢？反正碇真嗣不能，當然不一定是和真希波成為愛人，也可能是單純地把她當做姐姐、母親、朋友、老師、家人，甚至是自己成長的目標。
整個作品看下來，除了加持良治之外，也就真希波的人格算是健全。
簡單來說其實補完計劃就是心和體的同步，就是健全的人格。神經元的這群大人，有名有姓的幾個都不正常。碇源堂就不用說了，妻子是真愛，兒子是意外，沒有一個父親的人格。葛城美里看似穩重，其實極度戀父。赤木律子和上司有不正當關係，而且和母親喜歡同一個人。還有幾個員工，有暗戀上司的，有喜歡同性的，反正都很難說健全人格。
心和體根本就是脫節的，就好像駕駛eva的少年，光有強大的身體和技能，內心卻軟弱和殘缺。
其實也很正常，因為他們一直以來接受的是『成為你自己』的教育方式，整個seele的運作可以說是『認識你的本質，並讓他來決定你』，既然本質
