五年四月，經過認真思考之後的吳帆徽，終於給皇上寫了兩份奏摺，其中一份奏摺是關於登州兵變的，一封奏摺是關於流寇作亂的。
兩封奏摺，吳帆徽都表明了一個觀點，那就是以徹底剿滅叛軍和流寇為主，以招撫為輔助，且對招撫嚴格控制，凡是出現過降而復叛的流寇與叛軍，絕不會再次任何的機會。
提出這樣的觀點，吳帆徽在奏摺之中經過了仔細的分析。
叛軍方面，他認為孔有德、耿仲明以及李九如之流，從造反的那一天開始，就沒有想着歸順朝廷，他們自命為都元帥、大將軍以及將軍的稱號，其實就是謀反，朝廷絕不能夠因為登州有着大量的火器和糧草，從而投鼠忌器，總是想着招募孔有德等叛軍，若是朝廷不能夠狠下決心，派出精銳的大軍，徹底剿滅孔有德之流，則會造成更大的損失。
流寇方面，吳帆徽認為，朝廷一味考慮流寇是無奈之下造反，念其可憐，故而多採取招降的舉措，這是不對的，從陝西和山西以及福建等地造反的流寇來看，招撫的策略很好，可惜流寇根本不能夠體會皇上之苦心，一次次的招撫，反而讓他們認為朝廷好糊弄，一旦遭遇到危險，就歸順朝廷，稍稍得到喘息就再次造反。
對於流寇，務必斬殺其主要首領，絕不能夠輕饒。
這兩份奏摺，寫出了吳帆徽內心的真實想法。
身為翰林修撰、文淵閣當值，吳帆徽有直接給皇上寫去奏摺的權力，所以他的奏摺，是直接給皇上的，不會經過內閣以及六部。
吳帆徽的兩份奏摺，石沉大海，沒有任何的音訊，顯然奏摺被皇上留中不發了。
這讓吳帆徽有些失望，但也是在他的預料之中的，十七歲的吳帆徽，只不過是翰林修撰，到朝中當值才四個月左右的時間，皇上肯定認為，他吳帆徽在文淵閣當值，看了那麼多的奏摺和文書，內心有着怒火，故而寫出這樣的奏摺，這不過是年輕人義憤填膺的表現形式。
皇上沒有將奏摺轉給內閣處理，這說明皇上還是有着保護他吳帆徽的心思的，要知道這樣的奏摺，若是轉到了內閣，現如今內閣主撫的眾多大人，一定會另眼相看的。
吳帆徽盡力了，但是他不會放棄，既然皇上將他的奏摺留中不發，就說明皇上是認真看了這些奏摺了，接下來他還要繼續寫奏摺，期望能夠打動皇上。
五月底，不幸的消息再次傳來，暫時署理山東剿滅叛軍事宜的兵部右侍郎劉宇烈，誤信叛軍蠱惑，與叛兵談判的過程之中，遭遇叛軍的襲擊，損失慘重，被迫退守昌邑。
朝廷派出的太子少保張國臣，乃是遼籍官員之中品階最高的文官，代表朝廷前去招撫孔有德及其叛軍，且命令各路援軍不准進攻孔有德部隊，張國臣同樣遭遇蠱惑，差點身亡。
吳帆徽馬上再次寫下奏摺，詳細分析了當前的局面，他認為局勢已經到了危若累卵的地步，朝廷必須徹底放棄招撫的想法，派遣精銳的大軍，徹底剿滅孔有德及其叛軍。
這一次的奏摺上去，還是沒有音訊。
吳帆徽終於有些絕望了，他發現皇上怕是真的沒有那麼強的能力，做事情優柔寡斷，猶豫不決，有着毫不值錢的憐憫心態，這樣的心態將讓大明王朝更加快速的土崩瓦解。
萊州城的詳細情況，朝廷不知道，因為那裏已經被叛軍死死的包圍，不過吳帆徽是知道的，這個時候有一個更大的不幸消息，皇上和朝廷都不知道，那就是山東巡撫徐從治，應該是陣亡了，萊州的軍民在登萊巡撫謝璉，以及萊州知府朱萬年的指揮之下，依舊在拼死抵抗，不過更大的悲劇將出現，因為皇上不知道情況，內心依舊是想着招降孔有德的，接下來在這種思想的影響之下，登萊巡撫謝璉，以及萊州知府朱萬年，都將命喪孔有德之手。
也是五月底，禮部尚書徐光啟敕封東閣大學士，入閣參政，被孔有德放歸、被朝廷投入大牢的原登萊巡撫孫元化，以及同樣被投進大牢的原右副都御使、山東巡撫余大成，如何處置的事宜，內閣開始商議。
內閣的爭論異常的激烈，內閣首輔周延儒、內閣大臣徐光啟兩人的建議是赦免，內閣次輔溫體仁的意見是斬立決。
皇上的意見偏向於溫體仁。
其實到了這個時候，皇上對周延儒已經不是
