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三公九卿，首先三公。丞相、御史大夫、太尉。被扶蘇強化了御史台，分拆了權柄極重的丞相，但一直以來大秦虛設的太尉之職，扶蘇又當如何做出決斷？
扶蘇直接讓監國府兼併了太尉的職能。不錯，扶蘇自己主抓軍權。一點都不放鬆，便是天下名將，扶蘇最重要的支持者蒙恬，扶蘇也未有過多地讓其參與到中樞軍權的掌握之中。蒙恬是帶兵的統帥，卻不會成為抓全**權的天下兵馬大元帥。
扶蘇監國府行使太尉職能，當然不會太過自己衝上前去。而是另外設立了一個部門，名為樞密院，又稱太尉府。其中，扶蘇親領其事。反正扶蘇現在還只是監國，並不是皇帝，故而，親自兼職並不為過。
又因為這樞密院實際上只是太尉府換了個名字，所以不少人還喜歡稱之為太尉府。
太尉府從一個人的職位變成一個官署，扶蘇自然不會孤身奮戰。而是將四大營的主官、期澤、慶倪、羊牟李左車；北疆長城軍團各個主要將領王離、蘇角；京師衛戍軍的章邯，嶺南軍團的主官任囂、趙佗一個個都拉入了樞密院。
其中，樞密院被扶蘇劃分為四個主要部門。參謀部門主管部隊調動，作為樞密院的核心部分；後勤部門主管後勤補給，一擊軍資軍械的製造，軍法部門則負責部隊紀律，對違紀違法軍官軍士進行懲處，也擁有憲兵部隊；以及人事部門，其主管軍隊人員調動，管理文書檔案。
至於軍制，則實行戰時和平時兩套體制。戰時設上將軍，以及前後左右四將軍。將軍其下，各領其部，以部曲體制為基礎。一部設立一校尉，一曲設立一軍侯。一軍侯約莫一千五百人，一部則為六千人。根據戰時需要，再設置上將軍所統領的兵力多寡。
實際上戰時體制扶蘇並未動多少，基本上和秦朝以前的並未有變化。扶蘇所了解的，秦漢基本上沒多大差別。至於平時體制，則有了變化。
和平時期，軍隊有樞密院執掌。儘管依舊有部曲體制，但軍隊之中領軍之人最高為校尉職。各軍部曲回歸防區，以樞密院派員統領各部曲事物。
當然，也有樞密院管不到的軍隊。比如扶蘇身邊的親衛四營，已經成熟戰力彪悍的青龍營，以及在建依舊在訓練的朱雀營。一共四營一萬兩千人的軍隊將是扶蘇守衛宮城的軍隊，其後，還會有行在戍衛軍，這些而今扶蘇身在樞密院，故歸屬會在樞密院。一旦扶蘇登基為帝，卸任樞密院的職司，那麼這些禁衛系統的軍隊將會直屬皇帝，不聽命於其他人。
忙忙碌碌的扶蘇在晉陽處理着改制後的事宜，改制帶來頻繁的人事調動以及相當程度劇烈的權力交接。這其中，恐怕比晉陽新舊體制的衝突更加劇烈，扶蘇必須全力以赴，務使之不出問題。
但咸陽的事情，扶蘇卻不會丟下不管。特科作為此次改制中波動最輕的部門，一直都在想着雪恥。在秦隴如此經營之深的地方竟然出現叛徒，這讓特科上下灰頭土臉。便是伏承，一時間在各路舊友面前有些抬不起頭來。
故而，特科上下都盯緊咸陽，瞅準時機打一個翻身仗，以雪恥辱！
咸陽。
阿房宮甲宮左殿。
蒲鑫背上冷汗直流，在這位位極人臣的右丞相面前，蒲鑫感到了如山般壓來的壓力。再者，蒲鑫為右相，和李由是新舊勢力衝突的代表。可以說，是蒲鑫敵人的敵人。如果能夠爭取的話，是頭等需要蒲鑫去爭取的人物。打心底里，蒲鑫是不想和馮去疾起衝突的。
但出獄後第一次見到馮去疾，卻是這麼個情況，這讓蒲鑫心中大感糾結。一旦被馮去疾發現蒲鑫的身份，恐怕蒲鑫在咸陽是必死無疑了。
雖說如此，但蒲鑫更知道，一旦他放馮去疾進去……
一想到馮去疾正好將胡亥和太妃抓住現行的場景，蒲鑫便汗如雨下，當下，腳下生根那是再也挪不動了。其他寺人原本都是張煌無措，故而被馮去疾從宮外一路衝進此處，卻是一步都攔不住。
而今見到蒲鑫如此強項，頓時覺得有了主心骨。當下齊齊過去，一起幫助蒲鑫將
