蔣志清離開之後，孫文並沒有因為他的離去而放棄北伐，一是不能錯過南北夾擊直系的機會，二是要兌現與奉、皖兩系共同出兵的承諾。為了穩住陳炯明，孫文不僅保留其陸軍部長的職位，又任命他為兩廣軍務督辦。而且，儘管解除了陳炯明粵軍總司令一職，但粵軍仍控制在其參謀長葉舉的手中。
4月29日，孫文盼望已久的直奉大戰終於爆發了。張作霖以12萬的兵力向直系吳佩孚發起攻擊。吳佩孚動員了約10萬兵力，與奉軍在長辛店、琉璃河、固安、馬廠等地展開激戰。
5月3日，吳佩孚轉守為攻，出奇兵繞道奉軍後方，使盧溝橋一帶的奉軍腹背受敵。吳佩孚又採取分化瓦解政策，使奉軍第16師臨陣倒戈，造成奉軍全線崩潰。
5月5日，張作霖退出關外。後經英、美傳教士調停，直奉停戰。
孫文怎麼也沒想到，直奉開戰不及一周便以奉軍慘敗而告終，南北夾擊直系的計劃頓時化為泡影。但北伐軍此時已準備就緒，如箭在弦上，不得不發了。
孫文儘管已知奉軍大敗，不過仍在這一天下達攻擊令，並以李烈鈞為北伐軍總司令，許崇智為總指揮。
5月6日，孫文從廣州親臨韶關，坐鎮大本營。
為了穩住後方，孫文委任葉舉為粵桂邊督辦，以示對粵軍的信任。同時，多次寫信安撫陳炯。
5月11日，北伐軍開始進擊江西。駐紮江西的是北軍第12師，戰鬥力極差，因此北伐軍一路勢如破竹。
正當北伐軍高歌猛進之際，5月20日，粵軍總參謀長葉舉卻率領粵軍第一軍所部50餘營突然開回廣州，理由是索要軍餉，並補充武器彈藥。同時，他們發電要求孫文恢復陳炯明粵軍總司令和廣東省省長職。
陳炯明感到以恢復自己的職位為由而向孫文發難，太說不過去，於是向葉舉等人勸解，暫時遏止了危機的爆發。
葉舉率部擅自回到廣州，幾如兵變，蔣志清出於盛怒，給許崇智等人連續發出幾封急電，催促他們立即採取先發制人的行動，回師驅逐陳炯明。但許崇智、胡漢民、廖仲愷等人的回電，只是請蔣回粵，對驅陳一事卻隻字不提。
北伐軍繼續猛進，5月22日佔龍南、虔南，25日下南安，29日克信豐、南康、崇義。
廣州局勢越來越嚴重，關於陳炯明要造反的謠言不僅傳到韶關，就連遠在溪口的蔣志清都有所耳聞。為了穩定軍心，孫文決意親回廣州坐鎮。他帶薛岳、葉挺兩個營隨行，而留張發奎營在韶保衛胡漢民。
6月1日的黃昏，孫文抵達廣州，入駐總統府。下榻後的第一件事，就是囑咐林直勉道：「你記一下，立即給蔣志清發個加急。就說『粵局危急，軍事無人負責，無論如何請兄即來助我，千鈞一髮，有船即來。』」
然後，又命人通知葉舉等高級將領，說次日中午在觀音山總統府宴請他們。
很快有人來告，說是葉舉等人已經離開廣州，去向不明。
孫文氣得拍案大怒，對身邊的海防司令陳策說：我真想用你們的大炮轟死這幫陳家軍。
6月2日，孫文眼巴巴地在宴會廳苦等，但葉舉等人最終也沒有出現，來的只是幾個營長和連長。
孫文再次勃然大怒，一連拍了三封電報，要求陳炯明立即到廣州面商一切，同時又派汪精衛到惠州催駕。
陳炯明對心急火燎的汪精衛笑道：「我現在怎麼能去廣州呢？在第一軍撤出廣州之前，我都不能去廣州。我又不是粵軍總司令，他葉老三又不聽我的。假如我去了廣州，他們一旦叛亂，難道要我替他背這個黑鍋嗎？」
這句話說出來，憋得汪精衛啞口無言。
……
聽了蔣志清的一番敘說，白朗搖搖頭：「我說的是近幾日廣州的情況你可否了解？」
「近幾日？難道近幾日廣州又出了什麼狀況了？」蔣志清突然有了一種不好的預感。
「是這樣的……」
白朗將近日廣州的情況一一說與了蔣志清。
……
6月10日，葉舉宣佈廣州戒嚴，大街通衢，遍佈崗哨。
陳炯明、葉舉等人都拒不露面，孫文想找他們理論都不可能，於是在6月12日
