蔡元培對袁世凱說道：「我等魯莽之處，還請大總統見諒！」
袁世凱還待謙虛，徐彥卓趕忙說道：「大總統，現在善後是第一位緊要的，不能再讓事態發展下去了！」
由於兵變的時候，士兵把總統府團團包圍，闖進去放了一排亂槍，接着大舉搶掠，府中比較珍重的東西，搜刮淨盡，連窗戶什物也都搗毀一空，袁世凱的臥房也被擊破了一角。所以，袁世凱就把迎賓館當作了臨時官邸，立刻通知各級人員前來迎賓館開會。
這時候，導致這次兵變的原因也查了出來，據說是減餉一事。按慣例軍隊開拔前士兵每人加餉一兩，可現在為了節約開支把這一兩銀子減去了。一兩銀子似乎算不了什麼，可是在士兵的眼中，卻非同小可。減餉的消息一傳下來，士兵們無不憤激，口裏不住地咒罵。第三鎮由長春開赴北京防衛，目前仍在北京並未回原駐防區長春，所以不在裁餉之列，不知怎的傳說第三鎮也要裁餉，兵士遂以訛傳訛。於是，才導致了兵變。
下午四點，袁世凱在迎賓館召集北京高級軍政會議，決定立即採取行動制止亂事蔓延，除照章補發未變各軍應領之欠餉外，另派陸建章、曹錕等分赴各部隊駐紮地進行開導，同時令飭毅軍隨時緝捕再圖逞亂兵士。毅軍統領薑桂題奉令後，親率衛隊四出彈壓，遇見亂兵任意搶劫者，立即格殺。
傍晚時分，伊賀笠原回來了。他詳細的向徐彥卓匯報了他所了解的情況。
徐彥卓聽着聽着，眉頭逐漸皺了起來，他沒有想到，事態竟然比他想像的還要糟糕。
「眾位，這麼晚召集大家來，是想通報一下我所了解的情況！」徐彥卓開門見山道。
「據我了解，這次兵變是有人在其中推波助瀾。經審問，部分亂兵交代，兵變之前就有人在第三鎮進行串聯，四處造謠，說袁大總統赴南京之後，北洋軍將會被解散，致使第三鎮士兵內心既失望又疑懼。」
見眾人聽得聚精會神，徐彥卓接着說道：「兵變時，有一些士兵並沒有搶東西，而是專門四處放火。我估計，這些士兵肯定是一些別有用心的人冒充的，這中間肯定有鈍刀組織、也就是日本人的的影子。」
最後，徐彥卓說道：「袁大總統，能在暗殺迎接專使的同時，還策動了兵變，一般的人是沒有這麼大的能量的。所以，不管是大總統還是我們大家，都要小心提防。另外，袁大總統，說句不中聽的話，現在的北洋軍，恐怕不是以前的那隻北洋軍了。除了領軍將領還是你所提拔的，其中的士兵已經換了好幾茬了……」
袁世凱也沒有想到，他才離開北洋軍不過幾年光景，自己親手訓練出來的部隊已經成了這個痞樣，這讓他痛心疾首不已。
……
兵變第三天，歡迎團專使在袁世凱的親兵隊的保護陪同下，走上了街頭。
只見四處淒涼滿目，白天的街市如黑夜一樣，店鋪住家都關門閉戶，路上只有巡邏的兵士和站崗的警察，不時還能見到棄置在一邊的死屍。
入夜路燈不明，繁華的北京城成了黑暗世界。
這天晚上，蔡元培和歡迎團其餘八人進行了簡短的商議，然後約見了袁世凱，共同商談袁世凱赴任之事。
「袁大總統，我等商議了很久。要破解眼前這個難題，唯有定都北京，袁大總統在北京就任總統！」蔡元培開門見山說道。
袁世凱一臉的詫異，他當初爭取了很久，想定都於北京，南京臨時政府寸步不讓。如今，他決定退一步赴南京就任總統時，誰知迎接專使卻說出了這樣的話，讓他覺得有些措手不及。
「不過，這隻代表我們歡迎團的意見，我現在只是向大總統通報一下我們的意見。最後決定權還在於南京臨時政府及臨時參議院，請大總統耐心等待結果！」蔡元培又補充了一句。
三月二日，蔡元培等致電南京臨時政府及臨時參議院，認為「速建統一政府為今日最要問題，余可遷就，以定大局」。迎接專使態度的集體改變，並不是受兵變的威脅，而是感到了日本插手中國內部事務的威脅以及北方局勢的嚴重。
除此之外，蔡元培還專門給孫文和黃興發了一封電報，詳加說明了日本鈍刀組織的計劃和北京兵變的內幕。
孫文和黃興接到電報後，也感到
