在唐帝國排兵佈陣，準備再次拉開戰役序幕的時候，美國方面也在做大的調整。早在六月初，美國情報部門就判斷唐帝國的下一個進攻目標多半會是西南太平洋上的島嶼，然後尋找登6澳洲大6的機會。
為了應對新的挑戰，美國也在對自己的戰爭指揮機構做出調整。如果仍然由太平洋戰區司令部負責太平洋方向上的作戰行動的話，顯然無法照顧到每個方面。另外，西南太平洋方向上的情況與太平洋其他的區有很大的差別。在這個方向上，澳洲大6的防禦是重中之重，另外密集的島嶼分佈也決定了地面戰場的重要性。因此，在馬里亞納群島戰役還沒有結束的時候，美國海6兩軍就達成了協議，在太平洋戰區之外，再成立一個新的戰區，及西南太平洋戰區。
這個編制變化實際上與唐帝國的改革是完全一樣的，美國也將西南太平洋地區劃了出來，成立新的戰區。為了平衡海6兩軍，西南太平洋戰區司令官不是由海軍將領出任，而是由一名6軍將領，也就是美國駐澳軍團總司令麥克阿瑟上將出任。
麥克阿瑟一直就是美軍駐澳軍團的總司令，在美國參戰的時候，他與尼米茲各提出了一套進攻方案。他提出的方案是從澳洲出，進軍南洋地區，從南部威脅到唐帝國的本土。這個計劃後來被否決了，因為當時美軍在澳洲兵力連防禦都嫌少，哪有力量去掃蕩南洋地區？而且，這樣的作戰計劃必然要調動大批海軍艦隊，而美軍在澳洲的港口設施是不足以支持整個太平洋艦隊的。更重要的是，唐軍已經鞏固了南洋地區的防禦，而美軍主要部署在澳洲的東南部地區，在澳洲北部地區的軍事基地少得可憐，能夠部署轟炸機的機場更是少得可憐，要想動進攻南洋地戰役行動。就至少需要數千架轟炸機的支持，不說這些轟炸機的調動是個嚴峻的考驗，就算調到了澳洲大6去，恐怕也難以派上戰場。
因為自己的提議遭到否決，麥克阿瑟曾一度向上反應，甚至鬧到了總統那裏，希望能夠改變作戰計劃，將重點放到西南太平洋上來來。讓6軍打上主力。結果還是不了了之。在馬里亞納群島戰役失敗之後，麥克阿瑟更是四處活動，一方面指責尼米茲的指揮失誤，一方面推廣自己的作戰計劃，力吹進攻南洋的重要性。在麥克阿瑟地遊說下，美國6軍總參謀長（美國6軍沒有總司令，只有總參謀長）馬歇爾上將，以及美國海軍總司令金上將最後做出了讓步，決定加強西南太平洋的部署，逐步將重點轉移到西南太平洋戰場上。如果唐軍不在西南太平洋上進攻的話。那麼就要儘量爭取向南洋地區挺進。當然，這只是個計劃而已，在沒有足夠的制海權保障的情況下。美**隊要想跨過大海，進攻南洋地區，這幾乎是不可能的事情。
實際上，尼米茲在馬里亞納群島戰役中的指揮並沒有什麼大的錯誤，而且其委任的幾位艦隊司令官都在作戰行動中完成了任務，哈爾西，斯普魯恩斯都重創了唐帝國海軍，挽回了局面。美軍失敗的原因是實力不如對手。從這場戰役雙方地投入，損失等各方面來看，美軍明顯處於下風。能夠在數十萬唐軍的重壓之下頂住半年，這已經是個了不起的奇蹟了。因此，尼米茲並沒有受到指責，沒有理由要他來承擔失敗的責任。但是有一點是無法迴避地，麥克阿瑟的指責必須要有人來做出答覆，結果就是將太平洋戰區一分為二，尼米茲負責處西南太平洋戰區之外的其他的區的作戰行動，而西南太平洋戰區則由麥克阿瑟擔任最高指揮官。
隨着戰區制度的改變，美國海軍太平洋艦隊的編制也出現了變化。在沒有足夠戰艦的情況下。美國海軍採用了一套全新的編制體系，即艦隊的指揮體系基本不變，但戰艦在不同戰區執行作戰任務，就分配到不同的艦隊去。
變革之後地美國太平洋艦隊分成了兩支主力艦隊，其中在尼米茲指揮下的為第五艦隊，由原太平洋艦隊司令部改組為第五艦隊司令部。在麥克阿瑟指揮下的為第三艦隊，由部分原太平洋艦隊的參謀軍官，以及一些從大西洋艦隊調來的參謀軍官組建艦隊司令部。也就是說，第五艦隊負責太平洋戰區內的作戰行動，而第三艦隊則負責西南太平洋戰區內的作戰行動。而這套體制後來還擴大到了整個美國海軍，編號為單數的為太平洋方向上的艦隊，而編號為雙數地則為大西洋方向上的艦隊。
實際上，美國海軍艦隊的編制體系
