隨着馮保在內廷影響力的消退，張居正會同葛守禮、朱希孝、陳矩等朝廷大員，就王大臣案終於有了會審結果。
朱翊鈞當時並未掌權，等他將王大臣轉至錦衣衛關押時已經晚了，王大臣被餵了啞藥，後續究問已經難以進行。
張居正在獲得李太后和朱翊鈞首肯後，在正式奏章中，對本案的關鍵人物馮保家奴辛儒的失蹤隱去不奏。只奏說王大臣身懷利刃，直入宮廷，謀擬之心已昭，結案並判斬首。
張居正在奏章中說：「宮廷之內，侍衛嚴謹，若非平素曾行之人，豈能直面君上。」又說：「望皇上敕下司禮監官，遵照律令嚴行申飭，有犯令者，必罪勿貸。」
司禮監批紅道：「如卿等議行。着司禮監眾官嚴實宮禁。若有不按祖宗律令，懈怠慢法者，查實究罪。」
朱翊鈞則另起一行寫到：「京畿首善之區，必政肅風清，乃可使四方觀化。」
「朕近覽錦衣衛奏報，經年以來，京師人心怠玩、法紀廢弛，置四方無籍之人潛藏，不法之徒多有。稱「大俠」者，以武犯禁，卻多稱善者而官府不問；稱「會首」者，團聚群氓，斷訟理事，宛然縣官也！」
「着兵部都察院並輯事衙門督率巡捕、巡視、順天府等官，施行嚴打。京師地面，流氓、地痞乃至城狐社鼠之流，一體緝拿，都問罪究治。嚴打期間，有以權涉法，干預訟事的，刑部必舉都察院查實奏來。各部府官再有懈怠嘻玩，誤公事者，也都一體治罪不饒。」
旨意頒下，兵部和順天府都上了謝罪奏章。朱翊鈞請示了李太后之後才批到：「知道了，且戴罪圖功。」
隨着詔旨頒行，兵部、刑部、順天府和大興、宛平等二十餘縣投入到熱火朝天的嚴打行動之中。一時之間，舊案翻起，新案窮追，觸目驚心。京師地面的「扛把子」、「混街龍」紛紛偃旗息鼓，錦衣衛、東廠等璫頭也趁機拉攏人才，擴充勢力。
不到兩個月，嚴打成效斐然，那沒大背景還敢作惡的或有大背景但罪大惡極的抓了不少，各監獄人滿為患，京師地面為之一靖。
大理寺諸官見案件卷宗堆積如山，不免各處訴苦。一次張居正在皇帝日講時，把大理寺的訴苦當頌聖的話兒講了。朱翊鈞寫了六個字給張老先生道：「讓大理寺按這原則審。」
張居正見紙條上寫：「從嚴、從重、從快」，苦笑道：「難免冤獄也。」
朱翊鈞道：「不然，可以試行民意決獄。將那人犯都綁了遊街，被唾罵者多的，重判。同情善待者多的，遠流。」
張居正聽了心中一震，他伺候三朝帝王，最近這五六年，更能常近天顏。可是從隆慶帝身上，卻從未如此明顯的體會到帝王和臣子之間的思路差異。
從朱翊鈞角度看，如此處事也與後世自己的理念不符。但還是那句話，屁股決定腦袋，在帝王之位上坐了幾個月，他的言行逐漸向帝王方面轉變，不足為奇。
京師百姓可是見了西洋景了。進入夏天以來，京師內有帶大牌子被綁了遊街的；罪大惡極，決不待時到西市吃刀的；有被打板子的；還有些高端的熱鬧——如女子被去衣杖刑的。
京師的老少閒漢上午去看遊行，午時去看殺頭，下午去衙門看杖刑，如同趕場一般，飯都顧不上吃。
京師之人最是愛褒貶國家大事，也有消息渠道，不免將皇帝之嚴打政策拿出來討論。
有的就道：「俺大舅子的五姨媽家裏的丫頭在楊老大人府上做針線。聽楊老先生說，此番皇帝被元輔攛掇，下聖旨說——
見邊上的人都伸長了脖子看向自己，這位得意道：「若有犯過的，俱都殺頭；若有姦淫、人命等事，俱都剮。是太后慈悲，這才勸住。」
這聽的道：「皇帝小小年紀，心卻狠也！」
沒想到旁邊一聲斷喝：「狗囊的住嘴！要我說，這北京城裏該殺殺、管管了——你老姨家二扁頭流遼東了罷，回不來才好哩！」
「你不就是被二扁頭打了兩個嘴巴子嗎？留點口德罷！」
「再說，再說，就去衙門告你和二扁頭一夥兒的！」
話不投機，不免打在一處，夏天陽光下塵土飛揚，雙方都滿頭大汗，邊上圍了一圈
