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日本是一個資源貧乏的島國，其海運對於日本來說就像生命線一樣重要。而現在，在生化危機爆發後，這是又一次的大封鎖行動，而且比二戰中更為嚴密。現在的美國已經顧不上應對中國的亞洲擴張帶來的威脅了，美國海軍派遣了第七艦隊的全部和第三艦隊的一部在日本周邊嚴密佈防，防止任何人離開日本，亞洲各國海軍一面嚴查自己的海岸線安全，一面派出艦隊配合美軍，甚至是日本自己的海自，也都參加了對日本的封鎖行動。所有的港口都有美軍進駐，嚴密監視，禁止任何船隻離開。
空中交通也被封鎖，所有的民用機場都被美軍控制，只有經過美軍批准的外交專用飛機和美軍自己的軍用飛機才可以起飛和降落。
日本政府已經緊急轉移到自己海自的兩棲攻擊艦「出雲」號上進行遙控操縱。而日本那些有名的科學家和學者教授也被美國政府進行「優先」t病毒測試後帶往美國「暫時居住」。甚至連很多博物館的國寶和藏品也都被以「保護」的名義由美軍部隊負責裝箱，運往美國各博物館「展覽」。現在的日本已經從美國的「間接管理」變成了「直接管理」，日本政府最後的一絲遮羞布被美國人徹底撕下，然而此時的日本人，連屈辱都已經無法感受到。
整個日本已經被徹底封鎖。同時由於t病毒的排查工作十分耗時耗力，加上除了大城市外，其他地區的控制力很低，美國政府針對這種全島的封鎖制定了一年的計劃，以確保島上的病毒不會再次爆發。
如果說美軍一開始的行動非常成功，有效的阻止了病毒的爆發，贏得了日本人的一致好評的話。那麼就和伊拉克戰爭一樣，後來的長期控制就逐漸形成了一場不折不扣的災難。
由於被封鎖，日本列島上1.25億日本人的各種供應就都要靠自己的儲備和美軍開始提供。最初的供應還比較充足，但是隨着日本政府的遷移，對國內的控制力開始下降，補給發放等各種環節就開始有怠工，腐敗等等事件頻發。而美國的供應由於政府耗資巨大，轉而外包給各路承包商來進行，這些承包商受到利益驅使，也逐漸開始缺斤短兩和腐敗叢生，一場人道主義災難已經呼之欲出。
日本東京灣美軍控制東京一周後
昔日繁忙的東京灣此刻已經異常蕭條，無論是貨輪還是客輪都被封鎖在港內禁止出入，海面上漂泊着美國海軍第七艦隊的4條驅逐艦和十幾條快艇，在東京灣執行封鎖任務，沒人敢挑戰美軍的看守是否敢開火。
緊挨着東京灣的東京區依然籠罩在一片恐慌中——即使已經封鎖了1周，但是美軍卻依然在東京那號稱「東京地下迷宮」的地鐵中擊斃了數名已經病發的感染者，估計是躲藏在這裏的流浪漢或者非法移民。這讓這場封鎖依然必須繼續進行下去。每家每戶得到的物資也開始減少，人們的感覺也由最初欣喜的獲救變成現在對前景的渺茫。
東京是國際化大都市，在這裏工作和生活以及旅遊的各國人不計其數，現在，他們也都被困在了這裏，禁止外出，禁止回家，就連美國人也不例外——美國政府也不感冒着自己被感染的危險把人帶回去。
大批各國的遊客和僑民被困在此地。理論上，他們只有在接受完t病毒檢查後，才被允許返回各國大使館，再由大使館安排專機回國。然而t病毒檢測昂貴的費用和消耗的時間決定了大多數人都只能在原地等待，除了那些有錢和有權的人能夠通過各種關係和手段排隊加塞提前檢查後乘坐外交包機提前離開之外。剩下的人即使是他們自己的國家都不希望他們回來，避免將生化病毒從日本帶回本國。讓在這裏的每一個外國人頓時都有了一種被拋棄的感覺。
當然，一個國家除外。
這一天的東京灣，除了繼續飄揚在這裏表明這還不是美國正式領土的太陽旗和軍艦上的星條旗外，又多了另外一種顏色——紅色。鮮艷的五星紅旗也在東京灣上空飄揚，覆蓋了東京的街頭。
以一條綜合補給艦，一條醫療船和兩艘驅逐艦組成的中國海軍第一批撤僑編隊突破美國海軍的封鎖，駛入了東京灣，停泊在港口。中國海軍陸戰隊員們立即下船，建立檢查站，準備迎接登船。
東京市內，除了依然在四處站崗的美軍和日本陸自外，又多了一隻身穿數碼迷彩的中國武警部隊，荷槍實彈的護送着拖家帶口扶老攜幼的中國僑民撤離。這些僑民有條不紊的排着隊，每人手上都拿上了一面小國旗，一邊揮舞一邊跟在領頭的武警戰士揮舞的較大的五星紅旗之後前進，臉上佈滿了幸福和感激的笑容。一些身穿西服的幹部模樣的人沿途站在高處，拿着大喇叭指揮，防止有人掉隊，一邊號召大家幫助那些老年人和婦孺，一邊高聲喊道：
「同胞們，跟着五星紅旗走，祖國是不會拋棄你們的！」
聽到這樣的聲音，所有人的內心都是暖洋洋的，許多人都流下了激動的眼淚。
這些隊伍也各有特色，他們中有留學生，務工人員，遊客，僑胞等每一種身份的人都分別組成了自己的隊伍，整齊有序的跟着各自的領隊，排着整齊的隊伍前進，給11月的東京帶來一道特有的風景線。
當然不是沒有違和的聲音，四周某處不起眼的角落，還有幾個打着青天白日旗的人，縮在自己的告示板後面，用手擋住臉，仿佛生怕被人認出來。而他們前面被各種石塊泥土砸的已經看不清內容的告示板上，隱約還能看見用漢字寫着的：
「寧做民主的感染者，不做獨裁的人！」
「中共要你們回去是要分你們的家產！」
「只有美國政府和日本政府才能拯救你們！」
「不要相信中共，他們在欺騙你們，誓死和中共劃清界限！」
實際上，不只是告示板，他們最早還企圖衝到撤離的隊伍里口頭宣傳，去誘騙一些華僑留下，就像他們當年在印尼做的一樣。只是在差點被這些正在撤離的憤怒華僑當場打死後，立即倉惶的躲在一處美軍崗哨後，鼻青臉腫的豎起這些牌子，繼續噁心那些撤離的華僑——如果不是美軍在前面罩着，沒準那些華僑真的會不顧周圍武警部隊的阻攔，過去把他們徹底揍死。
實際上，從中國大使館開始接人開始，他們就開始了攪合的活動，也成功的騙到了個位數字的來自台灣的人留下，或者讓他們相信可以等待和台灣包機一起撤走。不過這些來自台灣駐日本辦事處的人也不擔心宣傳問題，只要等那些撤離的華人中的台灣人回到台灣，他們毫無疑問又會在電視節目上開始表示「……這是被大陸共匪強迫撤離的，心裏很不是滋味……」抹黑大陸對於台灣的媒體來說已經是日常了。反正等這些僑民都撤走，他們的任務就完成了，會乘坐日本政府
