倭國的情況，比之大明，尤其在階級層面上，更加的複雜。
在如今對抗大明之下，看似團結，實則都是心懷鬼胎。
尤其是如今天皇的地位，正處於一個下跌的狀態，在經歷南北朝的戰爭之後，天皇的地位了，可謂是倭國有史以來，最為底下的時候。
這種情況，不僅僅是反應在天皇這邊，便是連幕府將軍也不能無視。
正如幕府將軍無視天皇的權威一樣，這時倭國社會也經常出現守護大名藐視將軍，地方下層領主和武士挑戰守護大名，甚至武士也不把天皇放在眼裏的現象--人們稱這種現象為「下克上「。
例如北朝的光嚴上皇出巡時碰到一個美濃的守護土歧賴遠。
上皇的近臣喝道:「上皇聖駕到此，快快下馬!」
土歧賴遠聞聽非但沒有下馬，反而大怒道:「你說清楚是院駕還是犬駕，若是犬駕，就射他一箭。「
說着，真的拔箭而射。
他的隨從們一哄而上，把上皇車上的帘子扯掉，把車子掀翻，並把上皇身邊的公卿打了一頓。
事後，土歧賴遠被幕府處死，但引起下層武士更大的不滿。
有人說:「如果沒有天皇不行的話，就用木凋一個，或以金鑄一個，把活的天皇流放到別的地方去，省得惹麻煩。「
有人哀嘆道:「鳳凰生末世，落魄亦堪悲;雉雞遭野火，被逐無巢歸。
這時，天皇朝廷勢力式微，形同小諸侯一般。
歷史上，明朝建文帝在給倭國的聖旨中，稱足利義滿為「倭國國王源道義「。
足利義滿在致明朝皇帝的國書中也自稱「倭國國王臣源「，幕府將軍已成為國家最高權力的代表，足利義滿自稱「源道義「是因為足利氏是清河源氏的後裔，即清和天皇的嫡派子孫。
就是後來的德川幕府家也是來自清河源氏，所以幕府將軍的掌權不過是天皇的彼一支代替此一支而已。
南北朝統一之後，足利義滿並沒有履行自己當初的諾言，即仍舊恢復大覺寺派與持明院派天皇迭立的傳統。
南朝的皇族、公卿、將士異常憤慨，後龜山天皇也後悔不迭。
原歷史中，後龜山逃出京都，再次在吉野山區建立南朝，史稱後南朝。
南朝的皇室後裔和臣子們為了恢復舊業，又不斷地進行了將近半個世紀的鬥爭。
後來曾有一夥強徒潛入皇宮，將神劍、神璽搶走，並以此擁戴南朝的皇胤反對幕府，事敗後南朝皇族後代多人被殺。
後面又是一起類似事件，牽連得南朝皇族幾乎滅絕。
而南朝所代表的勢力，就是對大明主要侵犯的倭寇。
像是朱棣抓捕倭國細作，就是歸屬於南朝這邊。
南北朝割據的分裂時期，就在這一時期，倭國的各諸侯之間鬥爭達到了白熱化的階段，相互攻伐，在這場南北鬥爭的過程中，南朝的封建勢力開始節節戰敗，不得不撤離倭國本土。
其中有一部分南朝的封建主，當然還有封建主統治下的武士和浪人等也會選擇離開，以此來躲避倭國本土對他們的追殺，他們就乘船來到了大明的沿海地區，他們在沿海進行走私，更有甚者燒殺搶掠。
伴隨着南朝在倭國的延續，大明沿海的倭寇，不斷的為南朝勢力輸入財富，以此作為對北朝的抵抗。
倭國的南北朝之爭，並沒有隨着南北朝一統而結束。
而是在歷史上，纏繞了幾百年。
南朝的勢力，從來就沒有被徹底的消滅過。
有人說，北朝控制了全國大部分地方，所以是實際上的統治者，應該是正統。
但也有人說，後醍醐讓渡的神器是假的，因此正統還是在南朝一邊。
哪怕是後世幾百年後，也有人振振有辭地說:「當今天皇難道不是從後南朝天皇后中搶奪了三件神器的篡奪者的子孫嗎?「
一時，在倭國國內引起一場軒然大波。
最後，作為北朝天皇后代的明治天皇作出裁決，認定南朝為正統，北朝各天皇不列入天皇傳承系列，但天皇地位及其待遇不變。
