程越的命令送到中書後，真金高興得手舞足蹈，馬上就簽章批准。中書省上下士氣大振，一道道命令從中書省送出，上面都特別註明「中書令真金與中書左丞程越嚴令」的字樣，被火速送到各衙門。
各衙門接到命令，不敢怠慢，全都緊急動員起來，衙門裏面進行詳查，外面到處是抓人的捕快和差役。
一個個大戶人家被敲開大門，一個個紈絝子弟被戴上鐐銬。大都豪強人人自危，對家人嚴加約束，百姓歡天喜地，紛紛鳴放鞭炮以示慶賀，以至於鞭炮的價格升了三倍！
因禿魯麻被放出來的人又被抓走，大都的豪強當然要找喇嘛理論，但所有找到總制院的人都只能看到總制院緊閉的大門。任憑你隨意敲打，裏面只一句話——閉門思過，莫要多言！
中書省威勢大漲，尚書省樂得在一旁看熱鬧。整治這些人是真金一直以來的願望，卻要靠程越才能達成，儘管如此，真金辦起事來仍然渾身是勁，根本不用程越操心。
被抓的人自然要想辦法脫身，於是無論是忽必烈的案頭，還是朝中顯貴的身邊，求情請託的都絡繹不絕。
忽必烈將接到的奏章一律留中不發，不聞不問。朝中顯貴中，即使是阿術、安童等人也不敢到程越那裏去求情，以免被程越訓斥。
中書省派不忽木負責開始重審被再次抓起來的紈絝子弟。在宮中的默許和真金和程越的鼎力支持下，不忽木沒受到多少阻撓，案子斷得很順利。將這些人全都重新下獄。博得百姓一片「青天」之聲
李庭在大都城外幾天內抓獲外逃的喇嘛三百餘名。因為總遇到反抗，先後打死一百多人，剩下的全都送進中書省大牢。
嘉木揚喇勒智和另外幾個活佛的家被抄沒，搜出的金銀財物比嘉勒斡巴勒還要多幾倍，程越將這些錢送進中書，讓不忽木負責，用於對受到喇嘛荼毒的人進行賠償。
依照藏傳佛教一貫的德性，從他們家中還搜出大量人骨和人皮製品。程越把它們放在中書省門口任人參觀。大都百姓看到後驚駭憤怒，一傳十，十傳百，參觀的人潮始終絡繹不絕，市井之中儘是咒罵抨擊之聲，紅教的名望進一步遭到打擊，大都的喇嘛如過街老鼠，不再受人尊重，反而漢人的釋教和道教更加得到尊崇，慢慢奪回往日的信眾。
大都被遺棄的女子第二天就明顯變少。程越買下的鋪面並沒有住滿。畢竟大多數人並不希望家醜外揚，女子和孩子留在家中為奴為婢都可以。趕出家門未免可惜。
張淑芳對被程越解救和先後來投奔的三千多名女子登記造冊，將她們分成若干組，由程越帶來的工匠教她們各種手藝，其中最主要的就是紡織羊絨和製造毛線。紡織業可以吸收大量人工，是最適合女子的職業之一。
二月十三日，烏訥爾從蓮花寺清理出近六百具女子的屍身和一千餘具嬰兒的屍體，裝棺後進大都繞了一圈，讓大都百姓親眼目睹喇嘛的殘暴。
程越遂將整理出來的蓮花寺罪狀上奏忽必烈，請求誅殺一干人犯。
忽必烈不願殺掉這麼多喇嘛，將奏章直接發回。
程越當天即再上奏章，忽必烈再發回，程越又送，三次奏章言詞一遍比一遍激烈，不達目的，堅決不肯罷休。
忽必烈非常為難，將程越的奏章發給朝中重臣詢問。阿術、伯顏、安童、真金、姚樞、不忽木、竇默、郝楨、許衡等先後上表支持，大批受到喇嘛侮辱的大將和中下級官員也上書附議。
阿合馬沒有明確表態，但尚書省各部尚書、侍郎等上書他也不制止，尚書左丞張惠更是當廷贊同程越的奏章，震動朝野。
忽必烈收到雪片般飛來的上書，幾乎全是一面倒地請求忽必烈誅殺喇嘛，連一向慈悲為懷的察必也力主嚴懲，南必和其他皇后、皇妃更是義憤填膺，忽必烈終於被說服。
二月十七日，忽必烈准了程越的奏章，消息傳出，轟動大都，八思八正式上表請罪，被忽必烈慰留。百姓們敲鑼打鼓，大都四面一片歡騰，前往鎮南王府門口拜謝的百姓將街道都給堵住了。
程越當即立斷，向真金請命後，下令第二天即處斬。
二月十八日清晨，中書省四門洞開，一千多名喇嘛被從幾處大牢提出，由呂文煥、呂師夔、范文虎押解，浩浩蕩蕩地被押往
