為了管理矩陣的需要，也為了應對可能存的隱患，機器明逐漸形成了如下幾個相互**，又相互聯繫相互牽制的部分。先是幾乎為單一意識控制的矩陣外部機器世界；其次是控制個體意識出入矩陣的西格馬向量；再次是負責對矩陣信息進行管理並升級的ra，後是能用來緊急斷塞伯特恩星球的除了四大核心之外的一切機器活動甚至把他們都重格式化的等離子能量室。
我們可以推測初期，代表機器明本體，控制矩陣外機器世界的那個核心意識擁有西格馬向量的鑰匙，從而也就控制了決定矩陣內部的特定程序出入矩陣的權力；而西格馬向量的鑰匙本身具有能把有機生物轉化為純金屬形態的能力，塞伯特恩之所以是後來我們所看到的那個表面以及內里大部分都是金屬形態的星球，很大程上可能就是動用西格馬向量鑰匙的結果。甚至連塞伯特恩的名字ybrtrn本身也是這個星球金屬化後重取的，這也是為什麼g1動畫西格馬向量說它塞伯特恩之前就已經存。
西格馬向量及其鑰匙是變形金剛幾大核心早明確出現動畫裏的設定。g1動畫的第56，第57集《thkyt》我們就已經見識了它們的力量。正是通過西格馬向量，威震天和擎天柱按照各自的要求從矩陣內把一些具有**個性的意識引入到他們製造的機械人軀體之內，從而誕生了飛虎隊和飛行太保兩對組合變形金剛。
ra是對矩陣負責的ai程序，不僅表現負責矩陣的不斷升級，也表現它擁有矩陣主要信息的數據庫，並且適當時候能向矩陣外的機器明傳導矩陣內部的動態和主流意志，成為溝通矩陣與矩陣外機器之間的橋樑。不僅如此它本身也儲存了西格馬向量鑰匙的信息代碼，以及啟動等離子能量室的鑰匙代碼。ra除了決定矩陣升級的事務上有自主決定權之外，其他事務上自主決定權很小，所以管ra擁有控制西格馬向量的鑰匙，但它本身並不能使用這個鑰匙，但ra確實擁有啟動等離子能量室的權限。此外ra本身也可以看成是矩陣內的一個個體意識，管是一個特殊的個體。
如果說西格馬向量的鑰匙是機器明對付有機明可能的威脅而準備的利器。那麼等離子能量室則是機器明為了預防矩陣之外控制機器世界的單一核心意識自身生危險變異而自我毀滅甚至累及矩陣而提前準備的預防措施。動畫片裏早出現等離子能量室應該是美版緊接着95集之後的thrbirth的三集，但那裏僅僅是初露端倪，而到了猛獸俠的第十三集《終點》，等離子能量室才真正大顯威力。霸王龍獲得並複製了大批西格馬向量的鑰匙，黑猩猩pria）得到了聖賢ra的授權，具有了啟動等離子能量室的能力。霸王龍把黑猩猩同伴一個個都純金屬化，乃至黑猩猩自己也被打敗被金屬化的時候，後關頭啟動了等離子能量室，結果一瞬間就扭轉了局勢，被霸王龍控制的整個塞伯特恩星球的機械人部隊都停止了運轉，霸王龍自己的金屬身體也被粉碎。而被金屬化的巨無霸則恢復了生物變形形態。
從以上的幾個設定來看，機器明為了防備潛的隱患，形成了矩陣、管理矩陣的機構，以及矩陣外的機器明本體，三足鼎立，相互制衡相互約束，同時又相互依託相互推動的一個體系。
但是這種防範制衡體系，並沒有能使機器明高枕無憂，順利地初設定的軌道上展。大的隱患爆之前，其展就已經陷入了比例失衡、主客顛倒形勢之。本來矩陣的設立不過為機器明服務，是機器明自我進化的一個工具。但由於矩陣的特殊性質，矩陣內部成為豐富多彩充滿個性意識的世界，而矩陣外部的機器明本體成為一個幾乎是單一意識的呆板僵滯的世界；矩陣內部成為充滿活力與進步，決定整個機器明前進方向與力的明動機，而機器明本體反倒成為被矩陣牽着鼻子走的僕從。矩陣世界的重要性變的越來越大，地位也越來越高，佔據的資源也越來越膨脹，而矩陣外部的機器明本體似乎反倒成了一個私有若無的附屬品。
由於矩陣世界的高擬人類社會化，還由於矩陣本身的人類起源，生活矩陣世界的個體意識，會有相當一部分甚至一半以上的個體意識，，其思維方式和感情傾向完全是人類化的，甚至以有機智能生物的繼承者自居。管它們賴以存的物質基礎仍舊不過是機器明的硬件上運行的智能程序而已。當然與此對應，矩陣內部同樣也會有相當一部分的個
