王敦取得建康大捷之後，隨即撤銷了宰相府，並把宰相府的所有官屬全都併入丞相府，然後悉數吸納，由最高統帥的京師留守府管理。最高統帥王敦雖仍駐守在武昌，但實際上掌握了朝廷一切有權力的大臣，皇帝遭到了空前孤立。
司馬睿無力扭轉局勢，在哀怨嘆息中終於步入死亡的深淵。
就在他死後的第二天，322年閏11月11日，太子司馬紹正式登極稱帝，是為晉明帝，本年25歲，而王導則擔當起了輔政的大任。
司馬紹自幼聰惠，深受司馬睿的喜愛。在他四五歲的時候，司馬睿閒來無事，把他放在腿上前逗着玩，正好遇到長安的使者來訪，司馬睿突然發奇想地問司馬紹：「你說太陽和長安哪個遠？」司馬紹不假思索地回答：「長安近，從沒聽說有人從太陽那邊來，所以是長安更近而太陽距離遠。」
司馬睿聽他說得頭頭是道的很是高興，等到了第二天，趁着群臣宴會時有意炫耀聰明兒子，就又問他這個問題，結果司馬紹回答說：「太陽近。」司馬睿心想完蛋，不會在群臣面前露怯了吧，略顯尷尬地問他：「怎麼和昨天說的不一樣呢？」司馬紹得意地答說：「抬頭就能看見太陽，但卻望不見長安，因此太陽更近。」群臣紛紛叫好，司馬睿也對他更加疼愛。
一晃20年過去了，司馬睿已然遠去，而司馬紹則開始漸入佳境。
血氣方剛的新皇帝絕非只有匹夫之勇，當初差點親自上陣殺敵的他，實際在謀略上更具亮點。
司馬紹實際面臨着和他父親司馬睿相同的困境，那就是王敦的重重壓迫。王敦固然不會因為司馬紹是新人而對他寬大處理，恰恰相反，只會對他施加更大的壓力。
然而王敦因為一時的遲疑，錯過了入主建康的最佳機會，多少也有些抱憾，尤其等到司馬紹即位，他幾乎找不到一個合適的進京機會，而要篡位勢必要先拿下首都。
就在王敦困擾之際，司馬紹為了避免讓狗急跳牆，特別下了一道詔令給他個台階。
323年4月，司馬紹賜予王敦黃鉞、木劍，並特許其奏事時不傳姓名、入朝不必快步、上殿不解佩劍不脫木屐，接着王敦自命京畿衛戍總司令，然後讓兄弟王導擔任宰相。
王氏家族由此完完全全地騎到了司馬家的頭上。
但司馬紹此舉卻並不是自暴自棄，而是開始在假裝不經意間精心佈局，在所有人都認定他已坦然接受傀儡命運的情況下，準備發起絕地反擊，神童司馬紹從此也成了鬥士司馬紹。
為了對抗強大的琅邪王氏，一些人成了司馬紹拉攏的對象，畢竟這不是一個人的戰鬥，也絕非一個人就能打得贏的。
他的老師溫嶠自然是站在他這一邊，剛從北方戰場調回中央的郗鑒與王敦並不親近，真到了危機時刻也能起到勤王的作用，到了323年6月6日，太子妃庾文君被立為皇后，由此她的哥哥庾亮也得以進入權力中樞，出任王導以前擔任的副總立法長，成了司馬紹的得力幹將。
溫嶠早年跟隨姨丈劉琨積累了不少的政治經驗，加上他本身也很有天份，之後會對穩定政局起到極其關鍵的作用。
郗鑒在永嘉之亂時期後到鄉下避難，鄉里人敬重他的名望，就輪流給他做飯吃。當時他的侄子郗邁和外甥周翼都還很年幼，郗鑒有心帶着他們一起到老鄉家吃飯，但因為大家都很窮困，加上兩個孩，鄉親們便有些難以支持，郗鑒無奈之下就一個人去吃飯，然後把飯菜在嘴裏塞滿不咽，等回家後吐給兩個孩子吃，孩子本就飯量不大，因此勉強得以存活，後來受到司馬睿的徵召，這才擺脫了這一窘境。他的外甥周翼後來為了報答舅舅的恩德，像對待父母一樣為郗鑒守了三年孝。
他雖然在北方戰場受挫，但畢竟也是領兵的將軍，而且感激司馬家的知遇之恩，忠心耿耿，是司馬紹值得依賴的盟友，不久就被封為兗州督導官、揚州JX軍區司令長官，鎮守合肥。
至於庾亮，他是傑出的清談大師，在國內很有名氣，司馬睿初到江東一心吸納有名氣的人，庾亮順理成章地到了建康任職，但一直做的文職工作，而且基本與世無爭，是個打醬油的角色。正值建康空虛，司馬紹用人之際也便顧不得適不適合的，逮到人只要不是王氏一族的，就全部委以重任。
