新遼軍攻下袁州城後，由於原先的官府早已經被叛軍搗毀，陷入無序狀態，而江西巡撫又被張獻忠嚇得躲在南昌府不敢出城，哪裏還管得到袁州城這邊的事情。
為此，墨離便以湖廣總督的名義，發榜招賢，任命新的地方官員，搭建袁州城的行政架構，管理民生事務。
同時，大軍繼續前往臨江府繼續追擊叛軍張獻忠。
新遼軍在清江和新化與張獻忠的叛軍連戰兩場，殺得叛軍紛紛落荒而逃，丟盔棄甲。
張獻忠知道新遼軍的厲害，於是不敢再圍攻南昌府，亦不敢再逗留，繼續向北往九江方向奔去，打算與王自用匯合。
甚至有些叛軍在得知新遼軍追來之後，紛紛大驚失色的叫了起來：「新遼軍來了！墨家軍來了！大家快跑！」
一時間，墨家軍的大名在湖廣江西一帶開始流傳開來，聲名赫赫，不僅張獻忠聞風而逃，就連那些各地的綠林強盜，各種毛賊也為之膽寒，紛紛跟隨張獻忠一窩蜂的往北跑。
江西巡撫帳下的兵馬遇着張獻忠的叛軍是紛紛潰退，張獻忠的叛軍聽了墨家軍的風聲隨即聞風而逃，這是何等的諷刺？同樣都是大明的官軍，為什麼人家墨家軍就這麼能打？而自己的兵馬卻這麼窩囊？
因此，儘管墨離帶着大軍在江西境內一路追擊張獻忠的同時，也毫不客氣的自行任命新的各地方官員，江西巡撫卻也是不敢有什麼異議。
本來也是，你自己身為一省巡撫，卻屢屢丟城失地，皇上、朝廷不追究的罪責砍你腦殼就已經是燒高香了，現在這些失地都是人家墨家軍收復的，俗話說國不可一日無君，地方也不能一日沒有人員管理，現在他墨離就地任命新的官員，你還能有什麼異議？
袁州府、吉安府、贛州府、臨江府等等江西大半的地方均被叛軍蹂躪過，所有行政系統均已癱瘓。墨離率着新遼軍一路追擊，收複數十州縣，重新任命官員，管理地方。
孟軻也沒有讓墨離失望，幾天後便將宋應星以及其家人一起接到了袁州城。
墨離很欣賞宋應星的才華和對科學研究的態度，當即聘請他為嶽麓書院的教授，與雷洛他們一起，一邊進行科學研究，一邊培養科技人才。
而宋應星也被墨離的誠懇所打動。墨離貴為一省總督，卻對他一個屢試不第的落魄舉人信任有加，關懷備至，深深為他的禮賢下士所感動，從而帶着十二分熱情投入到教學和研究工作中去。
而墨離則一邊追擊張獻忠，一邊搜羅各地人才收到麾下，為自己管理地方效力。
而且，這一路下來，也接收了不少新兵。這些新兵，既有叛軍俘虜，也有一些失散的明軍潰兵，另外還有不少是慕名前來投奔從軍的各地青年。
待到大軍行進到九江的時候，墨離麾下已經發展到了近十萬人馬。
再加上武昌的曹變蛟、杜耕、周遇吉等人的隊伍，兵力接近二十萬。如果再算上李過和墨離留守長沙等地的兵力，墨家軍現在的總兵力達到二十六萬左右。
這個數字無疑是很巨大的，對於墨離這樣一個一省總督來說，自然是超出編制了。
這個時候，明眼人一看便知，墨離的志向已不僅僅是為大明剿賊平寇這麼簡單了。軍中的高級將領，其實都已經隱約明白墨離的籌劃了。
不過，墨離並沒有讓盧漢章等太監知道墨家軍的具體兵力數量，跟他說只有十來萬人馬。所幸墨離和他一直都合作的很好，而他也基本不太關心和過問軍事上的事情。
追到建昌的時候，墨離聞報曹變蛟、杜耕、周遇吉於日前攻破武昌城，王自用、拓先齡率殘部逃脫，繼續自廣濟、黃梅方向朝安徽安慶府逃去。張獻忠率領殘部兩三萬人也緊隨王自用北逃，江西境內的叛軍基本被趕跑，另外有一部分逃入鄱陽湖水域。
攻下武昌後，曹變蛟等人又先後收復了應城、景陵、黃陂等城。自此，湖廣境內的叛軍要麼被剿滅，要麼隨王自用逃到安慶、徽州、浙江等地。
之後，墨離聽說李自成和羅汝才等人的農民軍自盧象升北上大同後，又迅速在陝西、山西、河南等地死灰復燃，聲威越來越浩大之後，急忙傳令留守陵川的魏洪加強防衛力量，嚴防農民軍攻城，破壞、甚至毀掉陵川這個先行改革的根據地。
