袁崇煥歸心似箭，他於十月二十三日上《三乞給假疏》：「為仰遵明旨，給假奔喪，懇乞俯察臣心，曲存孝道事。筆神閣 www.bishenge。com除臣力疾設香案，望關扣頭謝恩外，竊念皇上刻意求治，簡賢擇能，凡叨任使之榮，俱慶風雲之遇，尚有沉抑下寮，欲效犬馬之勞而不可得者。。。。。。。」
雖然袁崇煥連番上疏請假，天啟皇帝仍堅持讓他遵旨供職，不准給假。
當時，袁崇煥尚未名揚天下，天啟皇帝都不肯放他的假，這次寧遠之役後就更加不會放了：「袁崇煥移孝就忠，拼身固守，全城挫賊，勞績可嘉。正當夫圖恢復，以收全功，何得遂萌歸念，不准辭。滿桂、趙率教已經加級，其餘文武各官功次，作速勘明優敘。一切善復事宜即與覆行，毋誤封疆大計。」
薊遼總督王之臣認為現在軍中冗官很多，真打下來又無兵可用，建議裁撤將領，遼東只設二個總兵官，再設幾個協官足矣：「寧遠事急，臣意關門有重兵，可分一萬，則各將面面相視，此雲兵少，彼雲馬弱。即詢車營何在，李秉誠雲馬帥在時，營已盡廢矣。其兵不任荷戈，其車半歸朽壞矣。國家何賴此諸將為哉？關上兵不滿三萬，設一總兵，南北二部設二協；守寧遠兵不滿二萬，設一總兵，前屯、中右設二協，守亦足辦矣。各帥或調別鎮以盡其才，或回府以需後用。乞敕九卿科道，從長計議。「
天啟皇帝怕如此大力度的撤軍，會引起軍中將領的強力反彈，以奴酋方退，還着從容酌議，讓各鎮將仍安心供職。
遼東經略高第、薊遼總督王之臣俱向天啟皇帝上疏言及建虜的最新動向，提醒皇上不能鬆懈：「據塘報，奴酋有待四月草青之時，再去攻城等語。臣駐寧遠，與鎮、道諸臣圖善後之策。因念寧遠之守實為孤注，必須在在設防，前有埋伏，後有應援，左右有犄角，而後賊進不敢攻、退無所掠。與諸臣相度形勢，寧遠以西中右、中後、前屯，俱應選將分兵，無事訓練，有警應援。其城或有未修者，或有修而未完者，先修緊要，其餘以次漸及。即將難民填實各城堡，分發蕪田，給以牛具、籽種，盡力布種，秋成量征其租，以佐軍儲。」
天啟皇帝對建虜的動向也很關注，他可不想再受一次驚嚇：「據回鄉屢報奴賊造車、修器意圖，再逞關外，防禦事宜比前倍加毖飭。這條議各款，速與覆行，火藥、器械等物即時給發，毋誤急需。以遼人守遼土誠為善策，宜盡發出關。」
薊遼總督王之臣指出應讓袁崇煥擔任遼東巡撫，寧前兵備道則另選良才：「袁崇煥既已加銜，即當實授遼撫，給以令旗令牌關防，關內關外兵馬悉聽調度。寧前兵備道員缺，另擇真正邊材，速為銓補。……」
天啟皇帝沒有明確表達，將球踢給了兵部：「袁崇煥應否加遼東巡撫職銜，着該部酌議妥當具奏。」
直隸巡按洪如鍾說現在有很多騙官騙餉之人，都來到遼東，皇上應該多加提防：「為逆酋雖退，內備宜嚴。內雲一曰繕城，一曰利器，一曰練兵，一曰秣馬，一曰款虜，一曰任將。又雲騙官騙餉之徒，趨關門如鶩，半屬請託，鮮有真實心任事者。非大破情面、換盡肺腸，仍前泄泄，將何所稅駕哉？昔人謂興一利不如除一害，夫除害即所以興利也。若從茲休息教訓，漸次佈置，以須撻伐，則袁崇煥自饒為之，非微臣之所能及也。」
天啟六年三月初三（丙午日），天啟皇帝召開朝會，經略遼東高第再次向皇帝上疏乞求讓自己退休，先是，高第鎮關門，大反孫承宗政務，折辱諸將，諸將咸解體；高第待楊麒若偏裨，楊麒見高第侮其，心不悅，至是坐視寧遠圍而不援；天啟皇帝同意了高第的辭呈；在初九日的朝會上，天啟皇帝正式任命袁崇煥以右僉都御史的身份，巡撫遼東、山海等處；又給袁崇煥鑄造了巡撫遼東山海等處、提督軍務的關防。
天啟六年四月十九（辛卯日），薊遼總督王之臣查報犒賞優恤，山海、寧前軍士用過銀一萬八千三百六十六兩有奇。兵部覆敘寧遠功次。先是，巡關御史洪如鍾題：據袁崇煥報，......正月二十六日賊見覺華島有煙火，而冰堅可渡，遂率眾攻覺華。兵將俱死，以殉糧料八萬二千餘，及營房民舍俱被焚。次日，賊引去。是役也，守城力戰之功，滿桂提督四面，功宜首敘；左輔獨當西面，功次之；朱梅當北面
