當方臘又與陳箍桶、方肥等摩尼教首領迅速集結藏匿於幫源洞附近的教眾，揮軍往外衝殺的過程中，先後遭遇吳玠、王淵等西軍軍將率部截殺，慘烈突圍一番，兵馬損失慘重。終於在重重禁軍的圍剿堵殺之下，於江南率領摩尼教眾揭竿而起的方臘，卻是為忠州防禦使辛興宗麾下兵馬所俘虜，連同教中幾員首領人物也盡被生擒活拿。這些時日於幫源洞附近圍剿與反圍剿的戰事之中，被殺的摩尼教徒便達七萬之眾。
至於另外一個棄守潤州，率軍走海路南下的摩尼教首領呂師囊，他又轉戰東南地域侵州奪縣，可是卻在征討官軍調撥部曲前去征討之際，於石峽口被宋將姚平仲所部禁軍擊敗，隨後呂師囊又與幾股摩尼教餘部會合奔逃，卻被宋軍折可存所部人馬追擊至黃巖縣斷頭山一帶，呂師囊據險堅守數日，卻被宋軍迂迴包抄，從高處奇襲殺至，呂師囊所部教眾被殺得潰散奔逃，折可存與所部驍將楊震身披重鎧、冒矢突陣，力戰過後生擒呂師囊，其麾下殘存的江南十二神頭領也盡皆被殺。
方臘連同其宗族家眷也被押往東京汴梁問罪發落，自然也免不得以造反大罪身遭剮刑而被處死，轟轟烈烈的江南摩尼教起義，至此終以失敗而告終。
宋軍馬步軍各部並着軍中招討使臣傳下軍令，教把生擒到賊徒偽官等眾，其餘從賊，都就當地市曹斬首施行。招討眾官，又都在睦州治所設太平宴，慶賀眾將官僚，賞勞三軍將校，傳令教先鋒頭目，收拾朝京，軍令傳下，各各準備行裝，陸續登程。
連同征討大軍主帥童貫在內，本來是前至江南征剿摩尼教各部宋軍將官期盼赴京返朝，俱受論功封賞的時期，可是在睦州清溪縣郊外，卻又發生了一樁變故。
原來在當地縣城之外有處瓦窯住着個喚作王嬌嬌的倡妓，而那處瓦窯所屬的村坊社老（村社領袖之意）舉報說有個名為杜微的摩尼教賊首曾私訪王嬌嬌，倒也不是要藏匿躲避，而是索要來當初他私養王嬌嬌這倡妓時於瓦窯內所存放的錢帛，只說如今摩尼教聖公方臘雖然兵敗被擒，可他與幾個兄弟另有要務要逃離江南，是以前來取盤纏上路。而那社老當即報官，立刻也有搜捕摩尼教餘孽的官軍大加搜捕，倒也真在清溪縣以東十餘里開外的地界追查到幾個形跡可疑的男女。
當時雙方廝殺了一番，而那幾個賊人也是各個武藝高超，前去搜捕的官軍本來抵敵不得，索性廝殺過一番過後，終於又有千餘兵馬前去馳援。終於殺了兩個負隅頑抗的賊人，只是余者仍要逃遁而去。
睦州府衙核實在逃罪犯真身，傳喚被擒拿住的摩尼教徒前去指認殺死的那兩個賊人身份，當即也有人供出，當時殿後力戰，端的悍猛，只是最終仍是身陷於重重圍堵之中被亂刃所殺的，乃是摩尼教中另一員首領人物司行方。
至於另外一個戰死的在逃摩尼教頭領，竟然是反賊寇首方臘的另一子方天定。
睦州知府、官軍招討使乃至諸部征討官軍主帥童貫聞報大驚，立刻又迭成文案，發出海捕急遞的文書，差諸州府衙公人杖限緝捕在逃反賊正身，調動爭來做太平宴慶賀的眾將官僚，也點撥所部人馬追拿在逃的摩尼教餘孽。
只不過當時已經延誤了幾日的功夫，那幾個疑似反賊寇首方臘的家眷心腹的男女如石沉大海一般杳無音訊。幾日過後，福建路武夷山、溫州白雲山兩處卻也有大批人員分批至海濱，乘船渡海，走水路往北而去......
但凡是受命前來征剿江南摩尼教的邊庭西軍諸部，根據大小戰功，各將傳報至汴京朝中表奏。期間除了童貫曾召喚屢立戰功的西軍小太尉姚平仲，兩人之間怕是又生出些不足為外人道的齷蹉來，對於宋江所部兵馬又是當賞當罰，朝廷那邊似乎也很難有個定論。
比起辜負皇恩，如今嘯聚諸路反軍與朝廷對抗的綠林數山共主蕭唐，宋江已是顯得微不足道，也不足以引起朝中權奸的猜忌。可是朝中除了宿元景等臣子，對於與這等受朝廷招安的綠林強寇同朝為官也都深感厭惡。前番戰事數度慘敗於蕭唐，如今調撥至江南平定摩尼教匪亂本就是戴罪立功，可是宋江率麾下兵馬未曾截擊住摩尼教中的首腦人物呂師囊，可是也的確竭力死戰，所部兵馬也傷亡慘重......
本來宋江也不過只被授了掛名的偏師先鋒之職，也無
