胎藏界曼荼羅的組織胎藏界曼荼羅是根據《大日經》而圖繪的，《大日經》的中心教義，就是「菩提心為因，大悲為根本，方便為究竟」三句。
因此胎藏界曼荼羅的組織也就是標誌這三句的意旨，而繪出三重現圖的曼荼羅。
胎藏界曼荼羅的圖位，說法極不一致，普通說有三種不同。
一、經疏曼荼羅經疏曼荼羅，即《大日經》和《疏》中所說的圖位。
《大日經》《具緣品》所說的屬於「大曼荼羅」，表示身無盡莊嚴藏；《轉字輪品》所說的屬於「法曼荼羅」，表語無盡莊嚴藏；《秘密曼荼羅品》所說的屬於「三昧耶曼荼羅」，表意無盡莊嚴藏，這三種中，以《具緣品》所說的大曼荼羅為圖位的基本依據。
二、阿闍黎所傳曼荼羅阿闍黎所傳曼荼羅，是善無畏三藏在他所著的兩部儀軌，《攝大毗盧遮那佛神變加持經入蓮華胎藏海會悲生曼荼羅廣大念誦儀軌方便會》（簡稱《攝大軌》）和《大毗盧遮那經廣大儀軌》（簡稱《廣大軌》）中所說的圖位。
三、現圖曼荼羅現圖曼荼羅，即現行流布的圖畫曼荼羅中的位次。
1、中台八葉院的含意（1）提心德中台第一院，八葉蓮花表菩提心德。
胎藏界以蓮花表心，是八瓣肉團心，音譯汗栗馱，譯雲「肉團心」，即物所的心臟，通有情及非情，其狀如蓮花合而未開，佛心則如開敷蓮花。
金剛界以月輪表心，是質多心，梵語citta，音譯質多，曰「慮知」，限於有情。
今此中台八葉院是使行者在自心觀八葉九尊之德，開發自己本有的菩提心，所以表菩提心德，（2）大悲德第二重表大悲德。
（3）攝化方便德第三重表攝化方便德。
《大疏》第三解釋說：「從佛菩提自證之德現八葉中台胎藏身，從金剛密印現第一重金剛手等諸內眷屬，從大悲萬行現第二重摩訶薩諸大眷屬，從普門方便現第三重一切眾生喜見隨類之身。
若以輪王灌項示之，則第三重如萬國君長，第二重如朝廷百揆，第一重如宗枝內弼，中台如垂拱之君，故花台常智為大曼荼羅王也。
若自本垂跡，則從中台一一門各流出第一重種種門，從第一重一一門各流出第二重種種門，從第二重一一門流出第三重種種門，若行因至果，則第三重之所引攝成就能通第二重，第二重之所引攝成就能通第一重，第一重之所引攝成就能見中胎藏。
」這三重曼荼羅分作十三大院（實際上十二院）。
中央的八葉院畫八葉蓮花，最中央的蓮台上是大日如來；八葉上面畫四佛、四菩薩，表示大日如來的四智四行，總稱八葉九尊，為毗盧遮那全體，又為胎藏界曼荼羅的根本總體。
《大疏》第四說明四佛的意義是：「東方寶幢佛是菩提心義，菩提心猶如大將幢旗，如來萬行變以一切智願為幢旗。
南方開敷華王佛是大悲萬行開敷義。
北方天鼓雷音佛是如來涅盤說法智，不同二乘涅盤永寂，故以天鼓為喻。
西方無量壽，是如來方便智，以眾生界盡故，大悲方便亦無盡，故名無量壽。
」又卷二十說明花台四隅四菩薩的意義是：「東南普賢是菩提心，若無此妙因，終不能至大果，故最初得名。
西南文殊是大智慧，斷無始無明之根。
雖有菩提心而無慧行，即不能成果，故次明之。
西北彌勒佛是大悲，若慧而無悲，則方便不具不得菩提，故次說也。
東北觀音即是行願成滿，若未成果時觀之，此則差次淺深，今以如來平等慧觀，從因至果但是如來一身一智行耳，是故八葉皆是大日如來一體也。
」2、中台八葉院周圍的諸院圍繞着前後左右的十二院是由總體所具的無量差別慧所現。
如上方的遍知院，中央畫三角的「遍知印」又名「一切如來智印」，象徵大圓鏡智一切遍知的功德。
中台北方的觀音院以觀自在為主尊，又稱蓮花部院，相當於妙觀察智，表示如來的大悲下化，南方的金剛手院以金剛薩埵為主尊，以稱薩埵院，相於成所作智，表示大智上求。
下方持明院化五大尊忿怒明王，是大日如來所現的教令輪身，稱為持明使者，所以叫持明院，又稱五大院，相當於平等性智，表示淨除其他的煩惱入平等實相，象徵折伏攝受二德。
以上是第一重受用身的曼荼羅。
第二重上方的釋迦院以變化身的釋迦牟尼為主尊，表示方便攝化德。
上方第三重文殊院。
這裏面的文殊院，除蓋障院，地藏院，虛空藏院，蘇悉地院等五院，是為了開發中台大日如來三無盡莊嚴藏的實相而證悟向上的菩薩大眷屬曼荼羅。
文殊院居東方，表示開悟實相的般若妙慧。
左方第二重除裝蓋障院以除蓋障菩薩為主，從金剛手菩薩的大智慧門，除一切眾生煩惱、所知
第四十六章 明王和曼荼羅（三）
